武德三年(620)五月，李世民打败了刘武周，收复了晋阳， 稳定了河东的局势。
关中两面的威胁基本解除后，唐政府进攻的锋芒，便指向中原。武德三年(620)七月，秦王李世民率领唐军东进。第一个劲敌就是王世充。
唐军对王世充的作战方针，大体采取两个步骤：一是打东都外围据点，设法切断其补给线。二是包围洛阳，全歼守军。
王世充听说唐军压境，大为惶恐，特派其亲信防守要地。王世充又怕他的部队投降，特立禁约，宣布一人失踪，杀其全家。武德三年(620)末，汴州、荥州、隋州、许州等地全部被唐军占领。王世充的补给线，基本上被唐军切断。
在聊城战役以后，窦建德军继续向南发展，武德四年(621) 初，攻下了周桥（今山东城武县），吞并农民军孟海公部。
正在此时，秦王李世民率领大军讨伐王世充，包围了东都。窦建德为了保全自己，向西扩充地盘，于是决定出兵支援王世充。这年二月，窦建德指挥大军挺进中原，攻下了管州（今河南郑州一带）、阳翟（今河南禹县）等地。
窦建德与王世充合作的消息传来以后，对唐军有很大影响，将领们对战局产生不同看法。萧瑀和封德彝认为：现在窦建德乘打败孟海公之威，士气旺盛，锐不可当。而我军战线太长，东西两面作战，腹背受敌，主张暂时退至新安（今河南新安），进行休整，等待良机，再行决战。
郭孝恪有不同看法，他认为：王世充现在是日暮途穷，势将必降，目前我军仍旧要固守武牢，伺机进攻，必能破敌。
薛收认为：王世充据守东都，府库充实，部下皆江淮精锐，勇敢善战，只因缺乏粮饷，所以困守孤城，坐以待毙。现在窦建德和他联合，运粮相济，恐怕贼势更强，战争将旷日持久，前途不堪设想。请分兵固守东都，深沟高垒，不与争锋，秦王亲率精锐，先据成皋，以逸待劳，一定能打败窦建德。窦建德如果失败，王世充必然投降。
李世民采纳了薛收的意见。他根据新的形势，调整了作战部署。首先，从武牢召回屈突通，叫他辅佐李元吉，继续围攻东都洛阳。李世民自己则亲率徐世勣、秦叔宝、尉迟恭等，到武牢阻击窦建德。
这时窦建德领导的农民军已达成皋东原，筑宫板渚（今河南汜水），作为行辕，并且派人通知王世充。
唐将王君廓率轻骑千余，切断农民军的粮道，俘虏其大将张青特，给窦建德以很大打击。此时有人给窦建德建议，叫他攻取怀州、河阳，进入汾晋，夺 取关中，如果唐军腹背受敌，他们可能从中原撤兵。
但窦建德拒不接受这个建议，贸然进攻武牢。他调齐人马，从板渚出牛口，列阵20余里，擂鼓而进，被唐军打败，死伤五六万人，自己也做了俘虏。
大势已去，王世充也只好投降了唐朝。唐兵进入洛阳。
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06、消灭最后的坚持，统一天下
窦建德的部众除了被俘或牺牲者以外，还有一些人解甲归田。唐政府强迫窦建德部将董康买、范愿、高雅贤、刘黑闼等到长安报到。范愿说：“我等至长安，必无保全之理。”于是大家一致推举刘黑闼为首，于武德四年(621)七月，在漳南二次起义。第二年正月，进取洛州，黑闼自称汉东王。在这一年内，连续打败河北唐军，恢复了夏王时期的故地，取得了重大胜利。
李世民到河北镇压刘黑闼起义。决战于洛水的农民军惨遭失败。唐政府统一了中原各地。
河北的刘黑闼二次起义失败以后，全国多数农民军都被唐政府镇压下去，只有辅公袥、张善安在江南继续战斗。武德六年(623)十一月，朝廷派赵郡王李孝恭率领强大水军直奔江州（今江西九江）；岭南道大使李靖督交广步骑北上宣州（今安徽宣城）；怀州总管黄君汉从谯亳出发；齐州总管李世勣从泗水引兵入淮。四路大军集中兵力围剿辅公袥。
当时唐军方面的作战方案，首先是除掉辅公袥羽翼，控制长江中游。十二月，江南安抚大使李大亮奉命攻打洪州（今江西南昌市）。他利用欺诈手段使张善安脱离自己队伍，然后抓住他，瓦解了这支反唐武装。
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