九世纪30年代末，连续几年的风雪灾害和瘟疫严重地破坏了回鹘的经济，再加上统治集团的内讧和邻族的侵袭，回鹘汗国迅速分崩离析。
840年，回鹘的渠长（将军）句禄莫贺勾结黠戛斯部攻陷回鹘可汗城，杀死可汗，毁坏城郭，掠走财富，立国近百年的回纥汗国在天灾和人祸的双重打击下，终于灭亡了。
于是，回鹘除一部分向南迁徙与汉族和其他民族逐渐融合外，其余的分成三支西迁。
一支迁到甘肃河西走廊的瓜州、甘州、凉州等地，历史上称为河西回鹘(（甘州回鹤），河西回鹘在元代称为撒里畏兀，明代称撒里畏兀儿。他们和当地的蒙古族、汉族等长期相处，相互融合，发展成现在的裕固族。
一支西迁到葱岭以西，称葱岭西回鹤。其在原北庭、安西两大都护府所辖地区的西部，包括巴尔喀什湖以东、以南的广大地区；940年，这支回鹘建立了强大的喀喇汗王朝，并向东发展势力，进入今新疆的西南部，并在龟兹一带与西州回鹘相对持。
一支西迁到吐鲁番盆地，称高昌回鹘或西州回鹘。这是回鹘西迁最主要的一部分。866年，这支回鹘在首领仆固俊的率领下，自北庭出击，打败了当时称霸西域的吐蕃， 收复西州、轮台等地，建立西州回鹘政权，西州，就是原来的高昌国。
高昌回鹘人和葱岭西的回鹘人在进入西域以后，与西域原来的土著居民长期相处，逐渐融合，遂形成“维吾尔族”，成为今天新疆维吾尔自治区的主体民族。
【 民族|回鹘在唐末的西迁，使西域的民族成分产生重大变化】本文参考自：《西域春秋》、《新疆两千年》
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