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新冠病毒基因测序溯源：警告是何时拉响的( 五 )


“我们与武汉市疾控中心、武汉市中心医院等一直在合作收集新的自然疫源性病毒 ， 这就是我们的国家重大项目的一部分 ， 包括P3实验室的使用也是获得中国合格评定国家认可委员会评审认可的 。 ”上海公卫中心一位研究员对财新采访人员说 ， “我们是常规科研 ， 偶然发现 ， 事关重大 ， 立即上报 。 ”
至少九个样本去年底采集送检
财新采访人员证实 ， 与广州微远基因科技有限公司和北京博奥医学检验所几乎是前后脚 ， 还有数家基因测序公司从武汉医院获得了不明肺炎病例样本 。 这其中包括2019年12月26日从武汉当地医院收到一份基因测序委托的行业“龙头老大”华大基因 。 12月29日 ， 华大基因对该病例样本完成的基因测序结果显示 ， 病毒与SARS基因序列相似性高达80% ， 但不是SARS ， 而是一种之前未有的冠状病毒 。 华大基因还用他们的SARS检测试剂盒对病例进行检测 ， 结果呈阴性 ， 否定是SARS 。
华大基因一位人士对财新采访人员介绍 ， 他们12月底对不明原因病毒性肺炎病例的样本进行测序时 ， 并不知情这个病毒在临床上已经造成了很多人的感染 ， 甚至已经有同属一个家庭的聚集性感染 。 “我们是做基因测序的技术公司 ， 每天会接受很多测序的委托 ， 接触大量病毒 ， 也会发现很多新病毒 。 像冠状病毒就有很多种 ， 之前包括SARS在内也只有六种冠状病毒与人有关 ， 对人感染性比较强的只有SARS和MERS 。 当时我们并不知道这个病毒是‘好’是‘坏’ 。 ”
华大基因与武汉当地医院有着常年合作 ， 据财新采访人员调查 ， 武汉当地医院2019年12月至少送了超过30例疑难肺炎的病例样本给华大基因委托测序 。 华大在其中一共发现了三例属于新冠病毒感染的肺炎 ， 除了12月26日这一例 ， 另外两例分别收样于12月29日和30日 。 他们将三例类SARS的冠状病毒混装 ， 即将三个病毒基因序列片段合在一起形成了一个混装的病毒基因序列 。 1月1日 ， 三份样本的检测报告上报武汉市卫健委 。 1月3日 ， 华大基因对三个样本中的病毒都进行了高深度的全基因序列测序 。
财新采访人员查知 ， 截至2020年1月19日 ， GISAID平台上共上传有13条样本的新冠病毒基因组序列 。 除去日本、泰国的三条 ， 剩下的10条全部由中国科研单位上传 。 从样本采集时间看 ， 最早的是前述2019年12月24日采集并由中国医学科学院病原所上传的那一例 。 还有8个样本是在12月30日采集的 ， 分别为武汉市金银潭医院与湖北省疾控中心（1条）、金银潭医院与中科院武汉病毒研究所（5条）、中国疾控中心病毒病预防控制所（2条） 。 此外 ， 中国疾控中心病毒病预防控制所还上传了一条2020年1月1日完成采集样本的基因序列 。
与之映证 ， 据《湖北日报》报道 ， 12月30日这天 ， 金银潭医院院长张定宇带领大家采集了该院最早收治的7名病人的支气管肺泡灌洗液 ， 并送往中科院武汉病毒所进行检测 。
以行业平均检测周期三天来算 ， 到1月2日左右 ， 上述8个12月30日采集样本的基因测序结果应该已经得出 。 中科院武汉病毒所在一封公开信《武汉病毒所全力开展新冠病毒肺炎科研攻关》中曾称 ， 12月30日晚病毒所收到金银潭医院送来的不明肺炎样本 ， 72小时攻关后 ， 于2020年1月2日确定新冠病毒的全基因组序列 ， 1月11日上传至GISAID上 。
上述《中华医学杂志（英文版）》发表的论文也显示 ， 在2019年12月24日至2020年1月1日这九天内 ， 有五名患者的肺泡灌洗液样本被采集并送去检测分析 ， 并且这五名患者中有两人没有华南海鲜市场接触史 。
五名患者中 ， 除上述65岁患者样本 ， 还有三位患者的样本采集时间为2019年12月30日 。 其中 ， 2号患者是一名在华南海鲜市场工作的49岁女性 ， 她12月22日开始发高烧、干咳 ， 五天后出现呼吸困难并住院 ， 12月29日住进ICU；3号患者同样为女性 ， 52岁 ， 12月22日发病 ， 29日住院 ， 但是她没有海鲜市场接触史；4号患者是一名41岁男性 ， 他12月16日开始高烧、干咳 ， 22日住院——这位也没有海鲜市场暴露史男性显然就是上文在武汉市中心医院就诊的武昌会计；5号患者的肺泡灌洗液样本则是在2020年1月1日采集的 ， 他是一名在华南海鲜市场工作的61岁男性 ， 本人患有慢性肝病和腹部粘液瘤 ， 发烧、咳嗽、呼吸困难持续七天后住进当地一家医院 ， 1月2日开始利用ECMO进行抢救 ， 后不治身亡 。


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