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新冠病毒基因测序溯源：警告是何时拉响的( 二 )


2020年2月21日 ， 这个病例的基因检测信息 ， 被微信公号“微远基因”的一篇文章披露出来 。 该篇公号文章写道 ， 中华医学杂志（英文版）于1月27日发表论文 ， 介绍新型冠状病毒发现始末 ， 微远基因参与了新型冠状病毒早期发现工作 。
前述发表于《中华医学杂志（英文版）》的论文 ， 是指1月29日发表的“鉴定一种能引发人类严重肺炎的新型冠状病毒：一项描述性研究”一文 。 论文作者来自中国医学科学院/北京协和医学院病原生物学研究所（下称中国医学科学院病原所）、中日友好医院、湖北省疾控中心、武汉市金银潭医院、武汉市中心医院、广州微远基因科技有限公司等单位 。 微远基因的首席技术官许腾为该论文共同第一作者 ， CEO李永军和首席运营官王小锐为署名作者 。 李永军曾任中国医学科学院病原所生物信息分析员 。
根据该论文 ， 研究人员收集了湖北武汉金银潭医院5例重症肺炎患者的临床资料和支气管肺泡灌洗样本 ， 进行了病原宏基因组学（mNGS）分析 。 结果在这些样本中都发现了一种此前从未报告过的、与SARS病毒核苷酸序列相似度达79%的冠状病毒 。 文中显示 ， 这5名患者的样本中 ， 最早进行基因测序的临床样本是12月24日采集到的一位65岁病人样本 。 他12月15日发病 ， 症状为发高烧、咳嗽 ， 少痰 。 18日入院 ， 12月22日住进ICU 。 16天后仍持续高烧 ， 并发展为严重的呼吸急促 。
与上述信息同样高度契合的 ， 是微信公号“小山狗”1月28日曾发布过的一篇题为“记录一下首次发现新型冠状病毒的经历”的文章 。 作者在留言区自称就职于位于广州黄埔的一家民营企业 ， 文中记录：“2019年12月26日刚上班 ， 还是如往常一样先大概浏览一下这一天的mNGS病原微生物自动解读结果 。 意外的是 ， 发现有一个样本报出了敏感病原体——SARS冠状病毒 ， 有几十条的序列 ， 且这个样本只有这么一个有意义的病原体 。 心头一紧 ， 赶紧后台查看详细的分析数据 ， 发现相似度并不算很高 ， 只有大约94.5% 。 为了确认结果的可靠性 ， 开始了详细分析 。 探索版的分析结果提示这个病原体跟Bat SARS like coronavirus（蝙蝠类SARS冠状病毒）最相似 ， 整体相似度在87%左右 ， 而跟SARS的相似度是约81% 。 ”
据作者透露 ， 该患者样本的采集时间也是12月24日 。 文中提到 ， “前端反馈这个患者病重 ， 着急要检测结果 ， 但是这么一个重大的病原体确实不可轻易报出 ， 中午跟几个领导紧急开了个会 ， 决定继续深入分析 ， 延迟发放报告 ， 同时分享数据给中国医学科院病原所一块分析” 。 中国医学科院病原所 ， 就是上文提到的《中华医学杂志（英文版）》论文作者单位之一、微远基因CEO李永军曾供职的中国医学科学院病原所 ， 其直属上级中国医学科学院院长是中国工程院副院长王辰院士 。
12月27日 ， 该实验室组装出了接近完整的病毒基因组序列 ， 数据同时也共享给了中国医学科学院病原所 。 “基本可以确认这个患者的样本里面确实有一个跟Bat SARS like coronavirus类似的新型病毒 。 ”文章写道 ， “当时得到的信息是这个病人回过老家 ， 不排除接触过蝙蝠 。 意识到了问题潜在的严重性 ， 对实验室做了全面清理消毒 ， 样本无害化销毁 ， 实验操作相关人员进行了相关监测 。 中午前已经跟医生沟通了 ， 患者也隔离了” 。
“应该就是我们首次发现了这个新型冠状病毒吧 。 ”“小山狗”一文还给出了GISAID数据库的截图 ， “从GISAID数据库网站上提交的数据来看 ， 样本收集时间最早的也是我们 。 ”
GISAID是一个全球流感病毒共享数据平台 ， 科研工作者在注册后都可上传他们提取的病毒基因序列 。 每个毒株都会有个独一无二的编号 ， 采集时间、提交日期、提交实验室等信息也都记录在案 。 财新采访人员核查发现 ， 按照样本采集时间 ， GISAIDS上最早的一条新冠病毒基因序列是在2019年12月24日采集 ， 并由中国医学科学院病原所于1月11日上传 。 比对编号、名称等可发现 ， 这就是“小山狗”一文的截图中标记出来的他们公司参与检测的样本序列 。


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