进化速率很高的序列（如ITS rDNA）怎样构建出支持率很高的进化树
不知道你说的支持率是只什么，是bootstrap，还是后验概率？这对应不同的方法。其次在没有进化树的前提下，你怎么判断的进化速率很高，有 ESS 支持么？那么笼统的讲，我假设题主用最大似然法建树，用 bootstrap 支持，那么题主的样本数量是多少，样本分歧度到什么程度，序列比对的结果呢？这一概不知，根本无从评估。而且，题主是要 main trunk 的 bootstrap 高，细节无所谓，还是每一个枝都高？这标准又不一样。最后，即便上面的所有问题都有答案，在没建树之前结果也不能断言结果一定好。所以结论就是，把树先建出来再说结果如何。
■网友
笼统上来讲，你需要选择合适尺度的标志序列。
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