学术影响德川光国之所以能开创独树一帜、颇有成就的水户历史学派，是和朱之瑜多年的教育、熏陶分不开的 。朱之瑜在日执教，对水户藩和加贺藩影响最大 。安积觉、今井弘济、小宅生顺等都是经德川光国介绍对朱之瑜执弟子礼的 。加贺藩主前田纲纪也很敬重朱之瑜 ， 执弟子礼，所以他的属臣均拜朱为师 。加贺藩的属臣奥村庸礼 等人还把服部其衷、五十川刚伯、下川三省几个儒生介绍到朱的门下 。
后来安积觉、今井弘济、五十川刚伯、服部其衷、下川三省五人先后成了朱之瑜的近身弟子 ， 并负起年事已高、不谙日语的老师的起居照料、侍奉，对外应酬、联系之责 。这五位弟子中数安积觉日后成就最大，和德川光国一起成为日本水户学派的领袖人物 。他13岁从师朱之瑜，接受蒙学 。后因父亲病故回家奔丧而中辍学业 。安积觉成年后，回忆起自己之所以能学有成就 ， 是因为当年先生“课程严峻 ， 晨读夕诵，故至今不忘耳” 。朱之瑜很喜欢这个体弱多病的学生， 亲自为他题写一本作业簿，督促他“逐日书其功课” 。安积觉到了晚年还告诫其孙辈：（舜水先生的）“片言只字，皆藏而宝护之 ， 凡吾子孙 ， 当敬之如神明，其有沦落丧失者非吾子孙 。”
朱之瑜对其他几位近身弟子也尽心尽力 ， 爱抚备至 。他见下川三省“温存淳谨”，“抚之如慈母，督之如严父” 。学生五十川刚伯学有基础，朱之瑜怕他“读书难入易出”，鼓励他不要虚费韶华，更上一层楼 。服部其衷初投朱之瑜门下，因思乡不安心学习，朱之瑜既不急促，也不为他祚病所惑 ， 严格要求，一个月后服部其衷学业大进，和老师的感情也日厚笃深 。朱之瑜在日本从事教育20余年，其间 ， 或执弟子礼，或从其质疑问学的学生远不止上述几位 。学有成就的，还有林春信、佐左宗淳、人见传等人 。
后来的日本学者评价说：“天佑以还，儒学以经世治民为要道 ， 不务空理虚论，皆舜水所赐也……不惟后来明治维新受此良好之影响，即于朱氏学说本身发扬而光大之，其功亦伟矣！”梁启超在评论朱舜水时也说：“中国儒学化为日本道德基础，也可以说由舜水造其端 。”“舜水人格极为高尚严峻，所以日本知识阶层受其感化最深 。”
阳九述略朱之瑜定居日本後 ， 冷静地回顾和研讨明亡的历史教训，并在六十二岁时，即明亡後的第十七年，写下了著名的《中原阳九述略》 。这篇著作共分四章 。第一章题名“致虏之由” 。舜水认为明亡的原因主要有二：一是政治腐败 。“中国之有逆虏之难 ， 贻羞万世，固逆虏之负恩，亦中国士大夫之自取也 。语日：‘木必朽而後蛀生之 。’未有不朽之木 ， 蛀能生之者也” 。二是学术虚伪 。明末科举制成了文人士子攫取个人功名的手段，所以人们穷年皓首于猎取华词、埋头 哗哔之中，不知读书以出治临民之义哉！
第二章论“虏势二条” 。一条论天启、崇祯年间，边臣失职，致虏披猖；二条论虏入中原後，搜括徵发 ， 使天下骚然 。第三章讲“虏害十条” 。
舜水痛斥满清入主中原後的十大罪状有：1.东人之害，自江以北至南京 。2.沿海有防边、养兵、藏匿、接济之害 。3.近海有造船、帮工、值匠之害 。4.签发舵梢之害 。5.内地有签派船料、搬运木植之害 。6.省会近城各郡有放债举息、买官附营之害 。7.仕宦有配发上阳堡、甯古塔之害，并入旗披甲之害 。8.买官但计有钱，不问色目之害 。9.打老鼠之害 。10.拆房屋之害 。
第四章名为“灭虏之策” 。“灭虏之策 ， 不在他奇 ， 但在事事与之相反 。”舜水举例说：“彼以残，我以仁；彼以贪，我以义 。解其倒悬，便已登之席；出之汤火，斯为沃之清凉 。则天下之赤子与天下英雄豪杰，皆我袱之子，同气之弟，安有不合群策 ， 毕群力，以报十七年刺骨之深仇哉？逆虏虽有神谋秘策，亦无所再施 。况黔驴之技人穷，山鬼之术尽露 。全为百姓勘破，毫无足惧 。故知一败涂地，必不可支也 。”篇末署名“辛丑年六月望日，明孤臣朱之瑜泣血稽颡拜述” 。耿耿忠义之情，力透纸背 。这篇著作书写完毕，舜水拜托他的日本至友安东守约收藏保存，谓“他日采逸事於外郡，庶备史官野乘 。”
著述名录《朱舜水先生文集》《安南供役纪事》
《阳久述略》
《释奠仪注》
《朱舜水集》上、下 朱谦之 编
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