由于国事日益危急 ， 鲁王在永历八年（1654年）降诏徵召五十五岁的朱之瑜 。但因其东西飘泊，住处不定，玺书辗转两年后才到他手中 。鲁王在书中责备他“托谕占城，去而不返，背君苟免，史氏讥之 。”希望他尽快回国效力 。朱舜水手捧诏书，唏嘘慷慨，想立即转赴思明（今厦门）返回舟山，但苦无交通工具，困于安南 。他只得先回复鲁王一封信，陈述他历年海外经营、筹资觅饷的苦心 。他在丁酉《谢恩奏疏》中说：“去年委曲求济，方附一舟 。意谓秋末冬初，便可瞻拜彤墀，伏陈衷曲 。臣数年海外经营，谓可得当以报朝廷，当与藩臣悉心商榷，不意奸人为梗，其船出至海口，半月而不果行 。复收安南，愤结欲绝 。”“今谋之十年，方喜得当，意欲恢弘祖业，以酬君父，以佐劳臣 。”
急于早日回国尽忠报效的朱舜水，终于在永历十一年（1657年）正月，等来了日本船，准备乘舟渡海归国 。但不料在二月遭安南供役之难，被羁五十余日 。安南国王知道他是一位中国学者 ， 便留住他，拜他官爵，迫他行臣子跪拜礼，朱之瑜直立不肯跪 。差官举杖画一“拜”字于沙上，朱之瑜乃借其杖加一个“不”字于“拜”字之上 。安南王便当着朱之瑜的面，杀了许多人威吓他，朱之瑜始终没有屈节 ， 真正做到了威武不能屈 。是年朱之瑜已五十八岁，为铭记这段老年之难，他逐日记有日记 ， 并取“庶人召之役则往役”之义 ， 名所记为《安南供役纪事》 。
永历十四年
（1660年），受郑成功、张煌言邀，返国抗清，于是即刻动身，于十月十九日返归厦门 。永历十五年（1661年）夏，郑成功和张煌言会师北伐，收复瓜州，攻克镇江，朱之瑜都亲历行阵 。北伐军一度进军顺利，收复四府二州二十四县，直抵南京城郊，兵威震动东南 。然而由于郑成功目光短浅，盲目屯兵南京坚城之下，贻误战机，且律兵不严 。至七月，北伐军在南京城外被击败 。郑成功转而退往福建沿海，后行师海上，不得已而趋兵台湾，张煌言则数年后被捕遇害 。朱之瑜鉴于复明无望 ， 又誓死不剃发，“乃次蹈海全节之志”，学鲁仲连不帝秦 ， 再次凄沧渡日，永不回到故国了 。这年冬，最后一次东渡日本，未能获准登岸，困守舟中 。当时日本施行锁国政策 ， “三四十年不留一唐人” 。日本学者安东守约经已在日定居的陈明德介绍，以手书向朱之瑜问学，执弟子礼 。朱之瑜为安东守约“执礼过谦”的恭敬、“见解超卓”的学问所动 ， 复信安东守约 。信中，朱氏悲喜交集，悲则国破家亡，故国“学术之不明、师道之废坏亦已久矣”；喜则“岂孔颜之独在中华，而尧舜之不绝于异域” ， 表达了他有意将圣贤践履之学传于这位异国弟子的心情 。正如梁启超所说，此“为先生讲学之发轫” 。安东守约等人为其在日定居奔走 。最后得日本 *** 批准，破40年来日本幕府之国禁 ， 让他在长崎租屋定居下来 ， 朱之瑜就此结束了十多年的海上漂泊生活 。东瀛讲学朱之瑜定居日本时曾反复强调自己并非想倡明儒学于异域，仅是为了蹈海全节 。永历十九年（公元1665年），他在长崎正准备购地躬耕之际，日本国副将军（大将军德川家纲之叔父）、水户侯德川光国欲兴庠序之教（庠序 ， 旧称，古代指地方学校） ， 派儒臣小宅生顺到长崎礼聘朱氏为国师，要朱到江户（今东京）去讲学 。朱之瑜竭力谦让，但是，当他听安东守约等人介绍“上公好贤嗜学，宜勿辜其意”之后，答应了德川光国的要求，表示“至若招仆 ， 仆不论禄而论礼” 。翌年（永历二十年，公元1666年）六月，朱之瑜抵江户 。德川光国亲执弟子礼，竭诚尽敬 。德川光国认为朱之瑜年高德重，不敢直接称名称字，要他取一名号以称呼 。朱之瑜就以故乡“舜水”为号，意为“舜水者敝邑之水名也”，以示不忘故国故土之情 。“舜水先生”之称始于此时 。德川光国欲为建新居，以“耻逆虏之未灭，痛祭祀之有阙，若丰屋而安居，非我志”四次力辞 。在德川光国影响下，日本学者、达官显贵也纷纷诣门求教，或执弟子礼 ， 或听其讲学 。从此，朱之瑜往来于江户、水户两地，公开讲学 。他曾去信远在柳川的安东守约介绍讲学的盛况 。永历二十四年（公元1670年），日本初造学宫，朱之瑜绘画图纸，度量尺寸，亲临施工现场指导，事后撰《学宫图说》 。又造古祭器簋、笾、豆、登等，率学生习释奠礼 ， 改定仪注，详明礼节 。永历二十六年（公元1672年），德川光国设置彰考馆，由朱之瑜门生安积觉任主编，聘请朱之瑜指导 ， 编纂鼓吹“尊王一统”之说的《大日本史》，其影响直至二百年后的“明治维新” 。德川光国对朱之瑜敬爱有加，就任藩主之际朱舜水也随同前往江户 ， 朱之瑜与同为德川光国编撰《大日本史》的安积澹泊、木下道顺、山鹿素行结为好友，并对水户学的思想产生了很大影响 。归葬异国永历三十五年（公元1681年）朱之瑜因水土不服而致?。?全身遍生疥疮，卧床不起 。明年（永历三十六年，公元1682年）四月，即顾炎武辞世三月后，朱之瑜在日本大阪逝世，享年83岁 。安葬在历代水户藩主的墓地瑞龙山（茨城县常陆太田市） 。为了纪念他不忘故国，坟墓特建为明朝式样，碑文题“明徵君子朱子墓”，私谥“文恭先生” 。德川光国率诸朝士临其葬 。朱舜水死前遗言：“予不得再履汉土，一睹恢复事业 。予死矣，奔赴海外数十年，未求得一师与满虏战，亦无颜报明社稷 。自今以往，区区对皇汉之心，绝于瞑目 。见予葬地者，呼曰‘故明人朱之瑜墓’，则幸甚 。”朱之瑜一直企望中原能有恢复的那一天，为此，他滞日期间生活十分节俭，死时居然储蓄了三千馀金 。这是他希冀恢复国家的经费 。其日本学者今井弘济、安觉济为他们的中国老师写下悼文：“呜呼先生，明之遗民 。避难乘槎，来止秋津 。寤寐
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