随后，狄青采用疑兵之计，一方面按兵不动，以休军整顿为名，调集十天军粮；另一方面，派大军连夜翻过天险昆仑关，在归仁铺列阵以待，与侬军一决雌雄。麻痹大意的侬智高失去昆仑关屏障，不得不与宋军展开正面交战，狄青以骑兵为先锋，左右交击，大败侬军，斩首两千二百余人，活捉五百余人，包括谋士黄师宓、心腹侬志忠在内的伪官五十七人悉数被擒。侬智高败退邕州并纵火逃遁，潜入大理国境内，最后不知所踪。
迟明，（狄）青按兵入城，获金帛巨万，杂畜数千，招复老壮七千二百尝为贼所俘胁者，慰遣使归。枭师宓等首於邕州城下，得尸五千三百四十一，筑京观於城北隅。《续资治通鉴长编·卷一百七十四》
狄青追击至邕州，斩获首级五千三百四十一具，在城北筑成京观，以震慑当地部族。斩黄师宓等伪官，将首级悬挂城头示众。查获金帛巨万，牛马数千，解救被裹挟者七千二百余人，令其复业。历时将近一年的侬智高起义，就此落下帷幕。
侬氏反叛交阯固然是由于受到统治者的残酷剥削，致使境内百姓怨声载道，同时也跟侬氏势力坐大，野心膨胀有着密不可分的关系。交阯发兵讨逆，诛杀侬全福及其子等，是为了维护自身的统治，因而与侬智高结下不共戴天之仇。
可侬智高反叛后，却把矛头指向了宋朝，而不是有早有旧怨的交阯，主要有以下三个方面的原因：
一、交阯国弱民穷，远不如地大物博的宋朝汉唐时期，交阯一直是中国领土，中原王朝在此设立三郡，置郡守安民。开宝元年（968年），在赵匡胤建立宋朝的同一年，丁部领平定十二使君，统一交趾，割据自立，由此成为宋朝藩属国。交阯境内多为山地、高原，不适合开展大规模农业生产，在经济、文化、军事等各个方面都无法与地大物博的大宋相提并论。
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因此，侬智高称帝自立，只是名义上让交阯感到难堪，实际上却从未有过侵占其领土的打算。交阯数次派兵讨伐，侬智高打得赢便打，打不赢便躲，却从未主动发兵围攻交阯。在他看来，国弱民穷的交阯不值得侵占，他想依附宋朝，与交阯抗衡，以报当年的杀父之仇，继而形成割据势力，称霸西南，如同割据西北的西夏政权，形成并立之势。
二、谋士黄师宓、黄玮兄弟的精心策划
黄师宓和黄玮是广州进士，需要指出的是，宋朝的进士只是科举考试中的一个科目，考的是诗赋。宋代考取进士后需要通过皇帝主持的殿试来复核和评定名次，没有通过殿试的进士便失去了为官资格。黄氏兄弟虽为进士，却没有在朝为官，估计很可能是没能通过殿试，于是跑到广源州经商。
科场失意的读书人满怀一腔抱负，却无处施展，一旦得到机会便会全力全意投入其中。侬智高也是科场不第的失意者，他在广源境内发现了黄氏兄弟并予以重用，使他们的才能得以尽情施展。黄氏兄弟精心策划出先据邕州，再攻广州，继而北上荆湖，迫使宋朝遣使和议的战略构想。侬智高对此深以为然，于是按照黄氏兄弟的计划，起兵作乱。
三、宋朝屡拒其归附，所招致的报复
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侬智高屡屡提出归附请求，宋朝对此持正反两种态度。广南西路转运使萧固认为，应该授予其官职，让他对抗交阯。然而，朝中大臣担心由此引发外交争议，而且也不能确保侬氏不再内犯。萧固认为蛮人见利而动，很难确保授予官职后不再内犯，但侬氏宜抚不宜剿，若能使他与交阯抗衡，则可保我边境安宁。最终，宋仁宗搁置了萧固的建议，考虑到西夏割据自立的原委，遂严词拒绝了侬智高的归附请求。
结语
侬智高本质上是一个投机主义者，他利用宋朝对西南地区统治较为薄弱的劣势，企图依附宋朝，对抗交阯，称霸西南，割据自立。侬氏与交阯的不共戴天之仇，于他来说只是一个用于反叛的借口，事实上却从未将起义的矛头指向仇敌，而是始终觊觎富庶无比的宋朝。
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