少林寺饱受明清鼎革兵燹的摧残，又与清政府关系紧张，处境异常艰难，康熙十八年(1679)顾炎武游少林寺时，见寺僧缺粮，大量外逃，一片狼藉。这也迫使众多身怀绝技的武僧背井离寺。迫于生计，他们或当镖师，或开馆授徒，或街头卖艺。个别武僧则倚仗武艺，恣意妄为，甚至成为清王朝的异己，严重危害社会秩序。清统治者敏感意识到了此问题的严重性。
后期，清政府对少林寺改为怀柔政策。乾隆三十八年(1773)开封府知府王启绪至寺，并倡议重修千佛殿。河南巡抚徐绩等官员踊跃捐资，至乾隆四十一年工竣嘉庆八年(1803)河南道员麟庆至少林寺，表示若只为保山护寺，寺僧可以习武，随后观看武僧比武。这种政策调整始于康熙中后期，今日少林寺所挂匾额即为康熙所题，在乾隆年间达到高潮，其显著标志是康熙帝颁赐御书匾额，雍正帝大规模整修少林寺及乾隆帝赐《大藏经》并驾临。
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金庸的《鹿鼎记》中，就采用了清朝对少林怀柔的历史背景，而非火烧少林寺的
随着时光流逝和清朝的统治日益稳固，少林僧众恋明怨清情结日趋淡化。同时他们从所受清廷压制中也逐渐明白了佛教的盛衰“每系于时君之好恶”，遂对示好的清政府投桃报李，频送秋波。不仅在乾隆帝驾临少林寺时殷勤备至，事后立御制诗碑，建御碑亭、御座房，竭力显示自己的忠心敬意。
便即使如此，清廷也没有放松对少林寺的警惕。乾隆四十年(1775)五月，乾隆帝闻知河南巡抚徐绩聘请少林武僧到兵营教习武艺，急忙发谕旨阻止、痛斥徐氏道:僧人既经出家，即应恪守清规，以柔和忍辱为主，岂容习为击刺，好勇逞强?有地方之责者闻之，尚当设法潜移默化，何可转行招致传授，令售其技乎?……著传谕申饬，并令将召致各僧即行遣回。乾隆帝持此坚决反对态度，意味着少林武术在政治，军事领域谋求发展已不可能，仅余民间社会这唯一的发展空间了。
至清末民初，少林寺仅存僧人200余名，田地2870余亩，已今非昔比。少林寺日趋衰落使少林武术饱受池鱼之殃，而它与清政府的关系无根本改善既令少林武术在政治领域无法发展，而在民间，少林武僧或当镖师，或做教头，或落草为寇，甚至沦落街头、靠卖艺糊口。
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民国时代的老照片，被焚毁前的少林寺
最后说一下民间传说中的清廷火烧少林寺，当然在现实中并未发生，但这个出自反清宣传的故事，反映的是清前期清政府与少林寺的矛盾。据《清廷火烧少林寺新辩》一文考证，这一传说并非完全空穴来风，其原型有三：
（一）清初福建沿海迁界事件 郑成功退居台湾后，清廷为了阻止郑成功和大陆沿海的联系，推行了迁界政策，禁令颁布之后，由于沿海人民不愿搬离家园而多有激烈抵抗，因此清廷展开了残酷的烧杀掳掠。清福建总督李率泰领大队舟师攻入铜山，杀民众一万余人，逼逐全岛三四万百姓‘迁界’入徙漳州、潮州内地，岛上寺庙皆被焚毁，顿做废墟。此际，不少香花僧与岛民一起抗争而亡，古来寺亦于此时毁废。”古来寺、长林寺都是源承“有南少林之誉”的仙游九座寺法脉。
（二）雍正强拆门房事件 作为明代准军事武装，为维护朱明统治起过“保邦靖世”作用的少林僧人不满外族的入主，多次藏匿反清人士。雍正十三年（1735年），雍正皇帝在河东总督王士俊关于全面整修少林寺的奏折上御批曰：“朕览图内，门头二十五房，距寺较远，零星散处，俱不在此寺之内。向来直省房头僧人，类多不守清规，妄行生事，为释门败种。难于稽查管束，应将所有房屋俱拆……钦此。”雍正皇帝严厉斥责少林房头僧人，则是表明这与房头僧人们的反清迹象与言行有关。他下令将门头二十五房悉数拆毁，可想而知这次强行拆除或焚毁，势必遭到反抗，此一事件应为“火烧少林寺”传说又一现实原型。
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