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有这个就够了 质粒图谱


有这个就够了 质粒图谱

文章插图
质粒图谱(这就够了)
做分子实验，经常和不同的质粒打交道，需要知道各种质粒的图谱信息 。今天，我将告诉你如何找到质粒图谱 。
方法一:使用Vector NT软件 。
Invitrogen的软件绝对是分子生物学bug的福音 。为了更直观的了解质粒图谱，安装这个软件是非常必要的 。
该软件的软件包将包括Invitrogen公司的所有质粒图谱信息以及其他常见和经典的质粒图谱 。
方法:搜索质粒图谱网站 。
载体数据库(addgene)
地址:http://www.addgene.org/
这个网站非常方便用户 。它曾被称为lablife 。现在网站已经被整合并发送到http://www.91bio.com/carriers-website-to-find/.，例如，查找pRS质粒图谱，在搜索框中直接输入pRS 。你可以看到有30多个这样的质粒 。

找到需要的质粒名称，点击回车，就可以看到质粒图谱了 。

以第一个质粒pRSII413为例 。如上图，质粒图谱难看吗？是的，我也觉得很丑 。没关系 。你看过视图序列吗？点击回车，我们将得到质粒图谱的序列 。

向量数据库
网址:http://genome-www 。stanford.edu/vectordb/vector.html信息资源网
这个网站页面比较简单，但是分类比较直观，总结和分类比较完整 。包括所有表达系统的质粒信息 。

但是唯一困扰我的是这个网站没有搜索栏，太不人道了 。如何从这么多的质粒信息中找到我们需要的质粒信息？没关系，我们有网页字符搜索功能，见红色标记部分 。
方法:编辑网页工具栏——在这个页面上查找，然后输入你的质粒名称 。比如我们输入pRS，会不会像搜索栏一样有有用的信息？

点击我们需要进入下一页的质粒，以质粒pRS303为例，如下图所示:除了一些关于质粒的描述性语言外，最重要的信息就是红色标记部分，序列链接进入质粒的序列 。点击NCBI链接直接进入NCBI 。如何在NCBI获得质粒图谱将在下面详细解释 。

美国国家生物技术信息中心
网站:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
重点介绍如何使用NCBI查找质粒图谱信息 。如下图所示，在搜索的下拉信息资源网络框中勾选核苷酸，在搜索栏中输入质粒名称，以pRS303为例:

搜索后，得到搜索结果，如下图，点击右边的发送，选择文件、genebank等选项，点击创建文件选项，得到一个gb格式的文件，导入vector软件，得到我们需要的质粒图谱 。

和谷歌学术
谷歌真的是个好东西 。学生应该仔细研究它的用法 。虽然有时候墙内提示打不开，但是搜索效率真的很高 。
关键公式:质粒名称+图谱
质粒名称+序列+文件类型:TXT或文件类型:PDF
或者:去谷歌点击“图片搜索”直接搜索地图 。
魅力剑阁(热心生物人组织)
http://yoou.bokee.com/5757561.html
其他核酸数据库 。
欧洲分子生物学实验http://www.ebi.ac.uk/ EMBL
方法:一些重要的试剂公司网站 。
其实也是一些网站，因为这些网站除了质粒图谱之类的还能获得质粒使用的信息，所以单独拿出来做一个分类 。目前很多质粒，尤其是广泛使用的质粒，都是一些公司的商用质粒 。基本上你会通过一个质粒想到一个公司的名字 。
例如，简单地说，克隆载体pMD18-T，TaKaRa；PGM-T，天根；一些表达载体，最广泛使用的，pET系列，Novagen公司(默克)；Duet系列vector带双MCS，Novagen的；毕赤酵母表达质粒pPIC3.5k、pPIC9k、pPICZA、pPICZaA等 。都是Invitrogen的；另外，有些pYES酿酒酵母表达系统也是Invitrogen的，所以如果知道常见的质粒属于哪家公司，肯定可以在他们的网站上找到该质粒的相关信息 。
直接在他们公司主页的搜索栏搜索质粒名称，得到质粒序列，图谱等 。除此之外，你可以下到表达系统操作手册，原核表达看pET表达系统操作手册，真核表达看毕赤酵母表达系统 。
方法:如何找到改造后质粒的质粒图谱？
有些质粒被修改了，用上面的方法找不到相应的信息 。这时候可以在google scholar中输入质粒名称，就可以直观的看到哪些学者在哪些文章中使用了该质粒，这样就可以知道质粒的来源或者向作者咨询或者询问 。
谷歌学者:http://scholar.google.com/
另外，介绍如何通过文献找到修饰质粒的图谱信息，Kuhlman，T. E .和E. C. Cox (2010) 。"大型合成结构的位点特异性染色体整合."核酸Res38 (6):信息资源网e92 。
这篇文献介绍了一种在大肠杆菌中整合染色体的方法 。介绍了三种质粒，它们是作者自己改造的 。这三个质粒图谱怎么找？


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