如果说，在康有为的思想体系中，中学与西学、哲学与政治还处在一种比较模糊的状态中，因而时常表现出理论上或逻辑上的矛盾，从而影响或冲淡了其学说的理论性的话，那么他的学生谭嗣同则比较明显地表现出哲学思维的兴趣和追求。他企图用当时西方自然科学中的一些概念范畴，建立一套新的话语系统，以取代、改造或重新诠释中国传统哲学。
谭嗣同首先以西方19世纪后期流行在物理学中的“以太”概念，来解释自然、社会乃至人的构成。企图建立“以太”本体论以区别以往的传统哲学。他甚至在人性问题上，也以“以太”立说，认定人性也是由“以太”派生的，“谓以太即性可也”。他还用“以太无所不胶粘，不贯洽，不篼络”的性质，解释和改造传统哲学的性善说，认为“性一以太之用，以太有相成相爱之能力，故曰性善”[12]（P306）。他认为，“天理善也，人欲亦善也”。世间所以对人性有善恶区分，就是因为不懂得由“以太”构成的善恶完全是相通的、相对的。他论证说：“所谓恶，至于淫杀而止矣。淫固恶，而仅行于夫妇，淫亦善也；杀固恶，而仅行于杀杀人者，杀亦善也。”[12]（P306）他强调善恶是相对的，因此不能把评价善恶的标准绝对化。而就人性来说，其本身无所谓善恶，所谓“恶”，实际上是违背人性的行为。据此，他猛烈抨击宋明理学家：“世俗小儒，以天理为善，以人欲为恶，不知无人欲，尚安得有天理？”[1]（P307）谭嗣同与其同时代的进步思想家一样，充分肯定情欲的合理性、必然性，而其论证则比明清之际的思想家又前进了一步，力图在西方自然科学基础上，建构其以太本体论的哲学体系。这种尝试虽然并不成功，但却反映了近代以来，先进思想家们在哲学上企图参考西方，以突破传统哲学的形上基础、框架结构及其所包含的古代思想所作的努力。
总之，从鸦片战争到维新运动的半个多世纪里，中国社会的思想文化经历了“二千年来未有之大变局”。在这短短的五十余年时间里，中国社会的巨变和世界局势的发展以及西方文化对中国的强烈冲击，造成了中国一个极其特殊的时代。用梁启超在《中国史叙述》中的话说：“自乾隆末年以至于今日，是为世界之中国，即中国民族同全亚洲民族与西人交涉竞争之时代也。又民主专制政体渐就湮灭，而数千年未经发达之国民立宪政体，将嬗代兴起之时代也。”面对这样一个时代，中国一些先进思想家主张向西方学习。他们在思想文化领域和哲学方面，除了大量引进西方进化论和天赋人权等主要内容之外，甚至在哲学的形式上也企图改换中国哲学的话语系统，建构与西方话语相通的哲学体系或新的理论思维模式。康有为的“元”论概念，谭嗣同的“以太”说，孙中山的“生元”说等等，都是中国传统哲学中所未曾有过的新概念。这些概念及其所反映的哲学观点，尽管都抄自西方，但对于中国传统哲学来说，仍不失为一种创新和尝试。特别是在哲学思维方面，他们不同程度地觉察出传统哲学的“天人合一”思想在理论思维上的局限。谭嗣同主张区分“我”与“非我”，强调心力。在他的“仁以通为第一义”的著名论断中所提出的“四通”理念，就包含着主客二分的思想。梁启超十分赞赏笛卡尔和康德的主客关系说和主体性哲学，并作了大量的推广和介绍。章太炎的“俱分进化”思想及孙中山的精神物质二元论，都明确地表达出西方主客二分的理论思维特点。所有这些都充分体现了在西方思想影响下，19世纪中至20世纪初，中国传统学术形态向近代学术形态的转变过程。所以，在一定意义上说，一部中国近代哲学史或学术史，就是先进思想家们向西方寻求真理的历史。
从上述可知，中国哲学的近代化历程，可以上溯自明清之际。但由于强大的清王朝的崛起及其在全国范围内封建专制统治的强化，使明清之际带有近代启蒙色彩的思想运动逐渐冷却。它所蕴藏的反封建的启蒙思想，在鸦片战争和西方列强入侵的刺激下，随着维新变法人士“自强保种”的呼声而得到再生。然而，这种包括中国哲学在内的中国学术思想向近代形态的转变，同中国整个近代史一样，是一个充满艰辛和痛苦的过程。特别是由于中国资产阶级的不成熟和其自身的妥协性、软弱性，使中国近代哲学呈现出许多矛盾、混乱及缺乏系统和逻辑，从而导致中国近代没有形成一个完整系统的哲学体系。也就是说，当中国资产阶级还没有来得及完成中国哲学近代化任务的时候，中国社会便在重大的历史迭荡中，又急骤地跳跃到现代。
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