在瓦雷金诺安定下来后，日瓦戈时常往来于瓦雷金诺和尤里亚金。一天，在尤里亚金市阅读室翻阅书刊时又遇到了拉拉。日瓦戈告诉拉拉他见过拉拉的丈夫安季波夫，此时，拉拉和丈夫已经形同陌路了。于是，日瓦戈和定居在尤里亚金市的拉拉常有往来，两人旧情复发。
一天；他去城里借书，在回来的路上被红军游击队员截住，被迫到游击队里当军医，跟随他们去了西伯利亚。就这样他同妻子和儿女分了手。一年多后，他从游击队里逃了出来，徒步穿过广阔的土地返回尤里亚金。
回到家中，可家中空无一人。后来得知，在此期间，妻子冬妮亚和岳父已返回莫斯科，又被驱逐出境，流亡国外。遭受巨大打击的日瓦戈病倒了，日瓦戈此时开始和拉拉同居，拉拉给予他了极大的安慰。
两人同居的生活虽然很艰苦但他们很快乐。但形势不容他们有安宁的生活可过，政治大清洗开始了，他们不理睬政府当时提出的口号，日瓦戈和拉拉的开始生活日益艰难。
不久，他们又前往瓦雷良诺，他和拉拉住在一所别人丢弃的茅屋里，。在瓦雷良诺的生活才开始几天，一位神秘人物科马罗夫斯基以拯救他们为理由，突然把拉拉带走，日瓦戈和拉拉被迫分离，拉拉跟随神秘人物她母亲曾经的情人科马罗夫斯基前往远东。
拉拉走后，日瓦戈在此看到因政治清洗而穷途末路的拉拉之夫（此时改名斯特列利尼科夫）身为红军的高级指挥官，在剿灭白军后遭到政治清洗，不得不四处流亡而最终含恨饮弹自尽。日瓦戈在逗留一段时间后，每日伤心欲绝，又走投无路，只好离开瓦雷金诺前往莫斯科。
在莫斯科，人们告诉他，他的妻子冬妮娅和他们的孩子已经移民到了法国。日瓦戈的生活日益消沉，变得非常邋遢。后来，得益于同父异母的弟弟安格拉夫的资助，安格拉夫是红色政权中的将军。弟弟安格拉夫把日瓦戈安置在一家医院里当医生。日瓦戈力图重新行医并开始全新的生活。
8月末的一天，日瓦戈上了电车，去医院上班，车内拥挤不堪，车窗都钉得死死的，走走停停。日瓦戈憋得不行，感觉无法呼吸，好不容易挤到车门，跳下车，可只往前走了两三步，便扑倒在地，从此没有起来……
一个勤于思索的知识分子的生命就这样无声无息地结束了。日瓦戈由欢迎、讴歌十月革命，转而成为革命的陌路人，在他的身上，折射着那个时代知识分子真实的心路历程。
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