始亦沿承政名，后各置大学士一人，掌院事。直到清军入关，顺治元年成立翰林院。因为最初供职于翰林院的大多是汉臣，这和一些满洲勋贵的利益相冲突，所以在顺治二年六月，顺治迫于压力，撤销了翰林院，翰林院人员又归内三院管理。到了顺势十五年，顺治裁内三院，复设翰林院。但是，为了平衡满汉大臣，翰林院设置满汉掌院学士各一人，其他的侍读学士、侍讲学士也都是满汉各二人。
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但是，顺治十八年，顺治又重蹈覆辙，撤掉了翰林院，恢复了内三院。这期间，满汉文化冲突严重，满汉文臣也存在这非常剧烈的碰撞。直到康熙九年，康熙决定以原来的内三院为班底，重设翰林院，并成立内阁。《清圣祖实录》卷33记载：
命改内三院为内阁，其大学士、学士官衔，及设立翰林院衙门等官，俱著察顺治十五年例议奏。康熙复立翰林院的背景复杂，因为登基之初，一直受四大辅政大臣钳制。直到康熙八年，康熙擒鳌拜之后，康熙开始筹划大权独揽，次年，康熙借复立翰林院的机会，成立内阁，以内阁来对抗清朝传统的“议政王大臣会议”。
从康熙复立翰林院之后，清朝翰林院才步入正常发展，逐渐盛极一时，对此后的清朝，影响很大。
【 创新|对比明清两代翰林院制度，浅谈清朝在翰林院的三大“创新”】
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综上所述，清朝的翰林院成立是十分坎坷的，最初在满汉斗争中几度被撤销，而后又因政治斗争被康熙重新复立，此后才步入正常轨道。
3.明清两代翰林院的相同之处在文化上，翰林院本是文学词臣的聚集之地，也是朝廷重要国史、文化著作的诞生之所。在其核心文化作用上，明清两代大致相同。
在政治上，在清朝军机处成立之前，清朝的内阁是政治中枢机构之一，和明朝一样，内阁大学士几乎都出自翰林院，有“宰相”之称，因此，清朝的翰林院，最初也是“储相”之地。由此看来，明清两代的翰林院似乎非常相似。
在职能上，明清两代翰林院皆有编纂文史、稽查档案、主持科举、整理奏章等功能，并且，在翰林院的人员建制方面，也都大同小异。例如，明朝洪武十五年，朱元璋效仿宋朝制度，设立文华殿、武英殿、文渊阁、东阁等殿阁大学士。清朝时期，基本沿用了这样的方式，例如，清朝张英为文华殿大学士，陈廷敬曾为文渊阁大学士等。
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虽然，明清两代翰林院大体相同，甚至可以说一脉相承，但是，仔细对比而来，清朝在翰林院制度上，至少有三点“创新”。这三点“创新”对清朝的政治做出了巨大的贡献。下面我们就一一来详述。
创新（一）：对“经筵日讲”的空前重视经筵日讲制度并不是清朝的创新，清朝创新的是对这一制度的空前重视。经筵的意思是为帝王讲经论史，在理论上辅佐帝王执政。是帝王的教育制度之一，唐朝时期就有这一制度，宋、明两代沿袭，清朝最为重视。
谁来负责给帝王来讲课呢，黄佐在《翰林记·开经筵》中记载：
经筵官有知经筵事、同知经筵事，讲官推举，皆出内阁翰林。也就是说，给皇帝讲课的人必须是饱学之士，而当时的饱学之士都集中在一个地方，那就是翰林院。明朝时期，也有过经筵日讲，但《清圣祖实录》评价明朝的经筵是：
人主惟端拱而听，默无一言。如此虽人主不谙文义，臣下亦无由而知之。
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也就是说，明朝的经筵制度，都流于形式，而清朝则大不相同，因为他们是来真的。
在顺治二年，汉臣洪承畴等人就上书顺治，提议要聘请满汉翰林学子为顺治倾授“圣学王道”，让年幼的顺治接受治国教育。《清圣祖实录》云：
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