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《诸病源候论》是我国现存第一部论述各科病证的病因、病机、证候内容的专著。对于本书的作者、成书年代及卷数，目前学术界的共识为本书由隋朝医官巢元方等编撰，成书于隋·大业六年（即公元610年）。全书共50卷，分为67门，1739候。
上述观点源于宋朝，而在宋代以前的史志中，对于本书作者及卷数，则著录不一，故令后世歧说较多。最早辑录本书的是《隋书·经籍志》，志载《论（当为“诸”）病源候论》五卷、《目》一卷，吴景贤（此医家《隋书·麦铁杖》中有载）撰。在《旧唐书·经籍志》中则为《诸病源候论》五十卷，吴景（当为“吴景贤”，吴景在《隋书》《旧唐书》中均无从考证）撰。而至《新唐书·艺文志》中则为《吴景贤诸病源候论》五十卷，与《巢氏诸病源候论》五十卷、巢元方撰，两书并存。至《宋史·艺文志》，则只有巢元方《巢氏诸病源候论》五十卷一种记述，而无吴景贤或吴景编撰的《诸病源候论》记载。
对于以上史志中的不同记述，《四库全书提要》云：“巢氏《诸病源候论》五十卷，隋大业中太医博士巢元方等奉诏撰。考《隋书·经籍志》有《诸病源候论》五卷，《目》一卷，吴景贤撰；《旧唐书·经籍志》有《诸病源候论》五十卷，吴景撰。皆不言巢氏书。《宋史·艺文志》有巢元方《巢氏诸病源候论》五十卷，又无吴氏书，惟《新唐书·艺文志》二书并载，书名、卷数并同。不应如是之相复，疑当时本属官书，元方与景，一为监修，一为编撰，故或题景名，或题元方名，实止一书，《新唐书》偶然重出。观晁公武《读书志》称隋巢元方等撰，足证旧本所列不止一名，然则《隋志》‘吴景’作‘吴景贤’，‘贤’或‘监’字之误。其作‘五卷’，亦当脱一‘十’字，如止五卷，不应目录有一卷矣。”即言《诸病源候论》是隋朝官府组织编写的医著，由巢元方和吴景（当为“吴景贤”）2人作为监修或总编撰，致使隋唐史志中的记载不统一。丹波元胤按曰：“吴景贤名，见于《隋书·麦铁杖传》，则《提要》有吴景监撰之说者，实系臆测。然以是书为巢、吴同编，理似当然。姑据《新唐志》并载二家之书，以俟后考。”
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据文献记载，《诸病源候论》一书在北宋以前一直在流传，如王焘的《外台秘要方》在每门类之前多先引《诸病源候论》之观点阐释疾病概念以及病因病机，后列治病诸方，在40卷《外台》中，有28卷341处引录了《诸病源候论》三十余卷中的文献，可见在王焘供职的弘文馆即藏有该书。而日本医家丹波康赖撰成于公元982年（相当于北宋太宗时）的《医心方》，亦仿《外台秘要方》之体例，于每门之前引录《病源论》（即《诸病源候论》）的“病候”内容，全书30卷中，有24卷直引《诸病源候论》五百四十余处，陆百四十余条，可见，在北宋之初，《诸病源候论》已流传至日本。可惜由于唐宋之间连年战乱，北宋以前的传本均佚。
北宋政府对医学是比较重视的，当时曾颁令天下，向广大的民间征集各种治病的医方、单方、验方，购买和征求献出医书。宋朝政府对此书极为重视，曾把它同《素问》《难经》《脉经》《千金翼方》《龙树论》等一起作为“医学”（宋代医学教育的专门机构）必读教材，同时规定，试补“医学”考试，也要从此书中选题，正缘于此，宋朝政府在成立“校正医书局”（此机构成立于北宋嘉祐二年，即公元1057年）之前，便把此书连同《素问》《难经》一起刊行于世。《玉海》卷六十三曰：“天圣四年（即公元1026年）十月十二日乙酉，命集贤校理晁宗慤、王举正校定《黄帝内经素问》《难经》《巢氏病源候论》；五年四月乙未，令国子监模印颁行，诏学士宋绶撰《病源》序。”此记述与宋绶序文中所载完全吻合。是知宋代初刻此书的时间是天圣五年（即公元1027年），早于成立“校正医书局”三十年。此刊本称为北宋本，但此本亦未保存下来。现存世的该书传本，是南宋以后的各种刊本。
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