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其一为南宋版本系统，此版本“盖南宋人从天圣校刊本而重刻者”（《经籍访古志》），但据宋·陈言《三因极一病证方论》载，《巢氏病源》当为一千八百余候，与现行刊本之候数有出入。该版本自元代以后，国内已失传，但日本既知的却有两部：其一是怀仙阁藏本(现存日本宫内厅书陵部)；其二是酌源堂藏本（此本20世纪后下落不明）。故现存该类传本，主要为日本医家据此二本影写及抄本。现存之刊本有日本天保四年（公元1833年）丹波元坚据怀仙阁藏本配补酌源堂本影写本、小岛宝素据怀仙阁及酌源堂两本影写本（现存台湾“故宫博物院”）、日本无名氏据南宋本抄本（现也存台湾“故宫博物院”，但仅存卷14～19）等。此外，1981年日本刊行的《东洋医学善本丛书》中所收该书，主要是据怀仙阁旧藏南宋本影印。
其二为元刊本系统，元刊本《重刊巢氏诸病源候总论》（今北京图书馆及北京大学各存1部），是“据宋本重刊，而兼校改文字……唯标目增重刊巢氏及总字”（《经籍访古志》）。据马继兴考证此本系据宋本重刊，其篇目次序及内容与宋本不同。由于南宋刊本国内早已失传，故后世刊本均自此本衍化而来。现存此系统之版本有：明·汪济川、江瓘刊本《重刊巢氏诸病源候论》，署“隋太医博士巢元方撰”，《经籍访古志》考证，其体式同元刊本，“不记刊行年月，似万历以上物”。明·汪济川、方鑛校刊本（歙方东云校刻本于聚奎堂，扉页作西爽堂藏板），书名《巢氏诸病源候论》，《四库全书》所录即为此本，此版本“版式全与前本（即汪济川、江瓘刊本）同，文亦不差一字，案方鑛未详何人，且汪济川与江瓘共刻此书，无复刻之理，意是书估欲其易售，妄改校者姓名耳”（《诸病源候论解题》）。“又有汪济川、方鑛校本，及吴勉学校本，俱是重刊前刻者（即汪济川、江瓘刊本）”（《经籍访古志》）。此外，明朝尚有嘉靖间刻本、万历吴勉学校刊本。
清代的刊本有：《四库全书》本（文津阁本、文溯阁本；分为67门，1739候）；清乾隆五十一年丙午（公元1786年）抄本；清嘉庆十四年己巳（公元1809年）胡益谦经义斋刊活字本（简称《巢氏病源》），讹误脱漏较多；清光绪元年乙亥（公元1875年）湖北崇文书局刻本，清光绪十二年丙戌（公元l886年)印本，清光绪十七年辛卯（公元1891年）湖北官书局重刻本，封面及扉页均题《巢氏病源》，但每卷首尾又题《重刊巢氏诸病源候总论》，柯慎菴云：“是据袁寿阶旧钞传录，差胜胡本。”清光绪十七年池阳周学海氏校刊本（序称《新刻病源候论》，每卷首又题《巢氏诸病源候总论》），署“隋太医博士巢元方撰”。周序称：“以家藏旧本付梓，并取《外台秘要》及日本刻本校之。”而《日本访书志》考证：“光绪辛卯，池州周氏又刊此书，自称以旧本付梓，实即胡益谦本也。”清光绪二十二年丙申(公元1896年)博文书局石印本。
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此外，尚有日本正保二年（公元1645年）书林万屋作古卫门刊行本，名为《巢氏诸病源候总论》，“虽互有异同，然文字体式，不失元本之旧，颇为可喜”（《经籍访古志》），认为其为重刊元本。还有同年上村次郎右卫门刊本。
近现代的版本有1912年湖北官书处重刊本；《中国医学大成》本，民国25年刊；1956年人民卫生出版社影印本；1957年人民卫生出版社铅印本；1991年人民卫生出版社出版的丁光迪等校注本（以元刊本为底本）。
通过以上通检，我们可以得出以下结论：首先，在北宋以前，对《诸病源候论》一书，称谓不一，有六种之多，但“病源”这一关键词则是一致的，自宋朝以后即统一称为《诸病源候论》。其次，本书之卷目数自唐以后均为50卷，但“候”数有出入，导致这一结果的可能因素有：一是传抄版本不一，可能有疏漏；二为历代医家在传抄过程中，对相似的候目进行了删除；三是将相似的候目进行了合并。同时，我们可以看出《诸病源候论》的成书对后世中医学的发展产生了巨大而深远的影响。在隋代以前，远至《黄帝内经》一书著述的时代，对病因、病机问题，虽有诸多论述，但均系附论于有关篇章中，或其他论著中兼论病源。自隋代巢元方、吴景贤等《诸病源候论》问世，体现了中医学术在病因、病机方面具有了系统的、全面的认识，在基础理论文献领域，填补了一项空白。其内容不仅学科齐全，而且对病与证的病因、病机、病候以至于病变类型等各个方面，均具有较为详尽地论述，该书对后世影响较大，如唐·王焘的《外台秘要方》、宋·王怀隐等编著的《太平圣惠方》、刘昉的《幼幼新书》、明·朱橚主编的《普济方》以及日本医家丹波康赖编撰的《医心方》等医学名著中有关病因、病机的内容，大多依据《诸病源候论》，或以此书作为重要的参考文献，故《四库全书总目》称誉此书为“证治之津梁”。（乔文彪 孙理军）
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