弘治十七年四月，金献民守制期满，但直至十八年（1505）二月，才得以复出，担任湖广按察司副使。虽然诬告查不属实，但还是对他造成了影响。
正德二年（1507）正月，金献民升为湖广按察使，正三品，主管刑名司法。入仕二十年来，其所到之处，豪强敛迹，宵小折戟，可谓春风得意。朋友刘春写诗赠他，也说此时的他“亨途方纵步”“风声益播美”。
就在此时，金献民遭遇入仕以来最大打击。
木秀于林，风必摧之。正德元年到五年（1506～1510），宦官刘瑾操纵朝政，打击士族官宦，金献民成了一块很显眼的“靶子”。他升任湖广按察使的第二年，在天津副使任上“勘地不实”的陈年老账被翻出来，被拷枷下狱，出狱后，又被贬斥为平民。同年六七月间，因湖广仓库粮料案再遭弹劾而下狱。正德四年（1509）二月，因浏阳民刘道龙命案刑狱议罪不实，又被罚米五十石。
这些罪名，大多不过“欲加之罪”。金献民连连遭遇挫折，归隐绵州。但他的好友刘春预言，他将很快复出。正德五年（1510）九月，刘瑾伏法，吏部奏正德二年以来降调致仕闲住为民充军者五十三名复官，金献民果然被朝廷重新启用，历任贵州按察使、山东按察使。正德七年（1512）十二月，金献民升都察院左佥都御史。正德十五年十一月，由刑部左侍郎升南京刑部尚书，官至正二品。
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刘春作《送宪副金君舜举之天津序》——《东川刘文简公集》/卷十一/一三五（图片来自网络）
“大礼仪”哭谏的重要发起者
正德十六年四月，嘉靖皇帝登位。嘉靖初，金献民职务变动频繁，三年里先后担任任都察院左都御史、刑部尚书、兵部尚书，始终是朝中重臣。关于朝政，他提出了很多重要意见，即便与皇帝意见相悖，皇帝也未加怪罪。
“大礼议”事件改变了他的人生。
正德皇帝没有子嗣，嘉靖帝朱厚熜是弘治皇帝的侄儿、正德皇帝的堂弟。群臣认为，按照礼法，嘉靖帝应该尊亲生父亲兴献王为皇叔，并在册封名号等方面严格按群臣议定的大礼做。而嘉靖是个孝子，坚持为父母正名，坚持“继统不继嗣”。双方僵持不下，展开了长达三年的争斗，矛盾在左顺门大爆发。
嘉靖三年（1524年）七月，因嘉靖帝要册封亲生父母，群臣哗然，二百余名大臣在杨廷和、金献民等带领下，在左顺门跪请哭谏。嘉靖帝震怒，四品以上待罪，五品以下下狱及廷杖，当场死十余人。左顺门廷杖后，群臣或丧命，或下狱，或遭贬，内阁首辅杨廷和、兵部尚书金献民被夺俸，明朝三大才子之首的状元杨慎、金献民的儿子翰林院检讨金皋遭贬。
【 兵部|郭平 ‖ 从芙蓉溪畔走出的明代兵部尚书金献民】“大礼议”事件，金献民不畏皇权、守护成规，骨鲠之臣的形象得到充分体现。
“大礼议”实际上是新皇帝和前朝权臣的权力之争，更是至高无上的皇权和崇尚程朱理学的廷臣之间的斗争。左顺门之事，产生了恶劣影响和严重后患，皇帝和群臣自此产生难以弥合的裂痕，推动历史前进的两股动力源从此缺少了互动，减少了活力，腐败、空谈、党争、阉乱层出不穷，明朝从此走了下坡路，直至病入膏肓。
归隐芙蓉溪畔自号“蓉溪”
嘉靖三年，金献民被贬斥为民。嘉靖五年，改为由兵部尚书致仕闲住，回到绵州芙蓉溪畔的旧庐，购屋数楹，徜徉其间，名之曰“芙蓉书屋”，自号蓉溪。他“擅抒林壑”，闲住在芙蓉书屋中，读着书，有时兴致来了，拈须吟诗，和宾客唱和，以此陶冶性情。有时出游，追求闲适的生活。
绵州的富乐山、西山乃至梓潼，都有金献民的诗歌传于后世，或见于摩崖题刻，或刊于后代志乘。一首七绝，可以一窥明代士大夫的潇洒生活：
攀萝独上最高台，
万斛尘烦顿觉开。
身倚莓床盘足坐，
春山争送晚青来。
与梓潼先贤李业相关的两首七律，更可见古代士大夫的凛然正气：
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