张学智先生所撰的《中国儒学史·明代卷》的第八章第四节，其题目为“黄道周对理学与心学的结合及其新经学”，由此可知黄道周的理学观念。然而容肇祖在《明代思想史》一书中对黄道周的理学观念予了这样的总结：“他的思想注重实行，仍是偏于向内的一路，跑不出王守仁思想的圈子。他的格物解说，也即是王守仁的致良知，都是对于本体的追求，以为可以一了百了的。他以慎独躬行为方法，以为造次颠沛可以不离于道。然而太偏重于向内了，以为经世治心，没有两种道理，禹、稷、颜、闵一样苦心，何曾别有学问？这是他的大大的错误，故此在国家危急的时候，只有矢忠矢死，无救于国家的灭亡。然而他卒之完成大节，亦可说不负所学了。”
容肇祖认为，黄道周的理学观念仍然是偏重王守仁的心学，对于这种认定，张学智也有近似的总结，其在该节的最后一个段落引用了黄道周在《儒脉》中说的一段话：“有宋诸儒初皆泛滥内典，于性命上事看不分明。《易》称继善成性，《学》《庸》止善、明善，孟夫子直接思、曾，更无半语差错。濂溪便说性上有刚善柔善，刚恶柔恶，此皆错认气质以为天性也。伯淳原本濂溪，便说有气质之性、义理之性，与孔孟何其异旨！张横渠聪明在诸贤之上，又说：‘由太虚有天之名，由气化有道之名，合虚与气有性之名，合性与知觉有心之名’，不知虚气更是何物！如此等议论，岂可令孔孟见之乎？”
黄道周撰《广名将传》清道光咸丰间海山仙馆刻《海山仙馆丛书》本
黄道周在这段话中，把周敦颐、二程、张载等人都予以了批评，对于这段批评，张学智总结到：“此处认为周、程、张诸人皆非儒学正统，原因是他们都偏离了孔孟性善之旨。而自己主张的性善说，是孔孟、思曾、《周易》、《学》《庸》以来的儒学正脉。这里是以是否主张性善说来区分正统儒学与异端的。可见性善一义在他整个思想中的重要地位，亦可见他思想中所受心学的影响。”
黄道周在这里的批评已经足够严重，他从性与气的关系上，认为以上的这些理学大师其实都不是儒学正统，因为他们没有坚持孔子、孟子所主张的性善论，而黄道周却坚持这一点，从这个角度出发，黄认为自己的观念才是孔孟思想的正传，而周敦颐、二程、张载等没有坚持完全的性善论，所以黄道周认为他们偏离了孔孟思想的正统，既然如此，那这些理学大家也就不能视之为儒学正传。于是，张学智认为黄道周的这个观点是受到了心学的影响。
为什么黄道周会与这些理学大家在观点上有这样大的冲突呢？张学智认为，周、程、张、朱等大师在形成理学观念之前，都曾读过老子和佛家的书籍，之后他们才跳出来致力于儒学，而黄道周没有这样的经历，他从小学习的就是四书、六经，故而他没有受到过佛教及老子思想的影响，这也就是他跟那些理学大师思想观念不同的根源。
从黄道周的个人经历看，他幼年家里也很贫寒，然而他的确是位会读书的好材料，因为他在7岁时就能过目成诵，后来又跟兄弟们在一起读书几年：“凡数年，自经传子籍，旁及诗、赋、声律、铅汞、阴阳之学，无不耽精元览焉。”（庄起俦《漳浦黄先生年谱》）
【 理学观念|觅理记·黄道周身心原无两物，着物便是妄意(上)韦力撰】
由此可知，他的读书范围极广，然而毕竟其家藏书有限，于是他就想办法读更多的书：“闻博罗有韩大夫贤而好士，其家多异书。一日杖策行，遂造焉。大夫与之语而大悦，曰：‘此儒者也，今日任斯道者，非子其谁！’因留与诸子处，遂得尽观所未见书，俱录以归。”（《黄子传》）
《松石斋文集》二十五卷，清光绪二十八年常熟赵氏承启堂刻本，黄道周序言一
《松石斋文集》二十五卷，清光绪二十八年常熟赵氏承启堂刻本，黄道周序言二
黄道周找到了当地一位藏书家，他与此人一番交谈，使得那个人觉得黄道周今后肯定是一位大儒，于是就让他随便翻看自己的书，而黄在此人家把自己感兴趣的书全部抄录了下来，而后带了回去。由这段话可知，他的运气确实不错，能够有这样爱惜读书人的藏书家，还能被他遇得到，这才使得黄道周的眼界大为开阔。
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