可是这段记载显然不如黄宗羲在《明儒学案》中的所言更让人觉得神奇：“家贫，时时挟策远游，读书罗浮山，山水暴涨，坠涧中，溯流而入，得遇异人，授以读书之法，过目不忘。登天启壬戌进士第，选庶吉士，散馆补编修，即以终养归。”
这里也是说他因为家里穷，但是却挡不住黄道周努力读书。可能是为了找到安静的读书环境，黄道周经常带着书到山里去阅读。某天，下起了暴雨，山洪把他冲入了山涧中，没想到他却在某处遇到了神人，这个人教给了黄道周一种特殊的读书方法，从此让黄掌握了过目不忘的本领，所以他考中了进士，而后又在朝中为官。他是在38岁考中的进士，而在40岁时当上了翰林院编修，同时“充经筵展书官”，这个阶段就表现出了他性格的刚烈，他的弟子洪恩在《黄子传》中称：“故事，必奉书膝行而进，黄子以讲筵道尊，不宜有此，遂平步进。魏珰目摄之，不能难。”
按照那时的规定，给皇帝讲书必须要跪在地上捧着书用膝盖前行，但黄道周觉得既然讲的是圣人的经典，就不能以这种姿式来给皇帝讲课，所以他是以步行走到皇帝身边。大太监魏忠贤用眼光制止他这种行为，但黄道周却视而不见。他的这种做法当然在朝中难以混出名堂，两年之后又连续遇到了他的父母去世，于是他就回籍守制了。
《明儒学案》中记录的黄道周的一段经历颇有名气：“崇祯庚午，起原官。小人恨钱龙惕之定逆案，借袁崇焕边事以陷之，下狱论死。先生抗疏颂冤，诏镌三级。陛辞，因言《易》数，皇上御极之元，当《师卦》上六，‘开国承家，小人勿用’，以讽首辅温体仁，削籍为民。”
《广名将传》清道光咸丰间海山仙馆刻《海山仙馆丛书》本，黄道周序言一
《广名将传》清道光咸丰间海山仙馆刻《海山仙馆丛书》本，黄道周序言二
到了崇祯年间，黄道周又被朝廷召回，没过多久，他就赶上了朝中的小人借袁崇焕之事来陷害钱龙惕，黄道周上书为钱龙惕辩污，皇帝把黄道周的官级连降三级，然而黄道周却在写给皇帝的奏折中用《易》数算了一卦，劝皇帝不要用身边的小人，以此来讽刺宰相温体仁。皇帝一生气，就免去了黄道周所有的官职，同时把他赶回了家。
然而张学智在文中却认为这是两件事：“四十六岁，起原官，主考浙江乡试，心甚敬谨，不敢有丝毫不慎，生怕错失人才。《黄子年谱》记：‘子在棘闱，每晨起，焚香堂上，同诸臣北面再拜，而后阅卷。’本年，督师袁崇焕遭崇祯帝疑忌被捕，因杀毛文龙事牵出大学士钱龙惕，下诏狱论死。黄道周上疏为钱龙惕辩冤，被崇祯帝斥为诋毁曲庇，降三级调用。同官倪元璐称道周为‘天下第一词臣’。四十八岁，黄道周乞休回籍，上疏言事，剖白己之心怀，其中特别明言己之以儒家经学推算世运之学。”
由这段叙述可以推论出，黄道周因为钱龙惕的事情连降三级是他46岁时的事情，而他因为给皇帝上的奏折被削职为民，则是黄道周48岁时，可见这中间有两年之差。然而黄道周的这份奏折也写的确实有意思，他首先在折中称：“臣自少学《易》，以天道为准，以《诗》、《春秋》推其运候，上下载籍二千四百年，考其治乱，百不一失。”（《黄道周年谱》）
黄道周说自己从小就研究《易经》，而后他用天道来推算，发现两千四百年来所发生的盛世与衰世，都跟他推算的一模一样。接下来，黄道周叙述了一大段他推算出来的结果，之后他的结论是：“臣观陛下开承，应‘大君’之实，而小人柄用，怀干进之心。在陛下，以大君之哲，可制小人而有余；在小人，以干命之才，可中大君而不觉。臣考自丁卯大雪至戊寅春分，凡十一年零七十七日，皆在《师》上六，‘勿用’之防，诚不可已！”（《黄道周年谱》）
原来这段话才是黄道周真正想说者。黄跟皇帝说：自从您登基之后，就有小人在身边，但是以您的君子之风，完全可以控制这些小人，然而这些小人们却仍然在暗地里活动。他考察出在某个时段，皇帝必须要防备这些小人。对于黄道周的这番话，崇祯帝看后十分生气，认为他这等于是指斥朝纲，于是把他削籍为民。
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