其三 ， 关注军队疫情 ， 有时也会由中央直接采取措施进行防治 ， 并赏恤因疫而亡的将士 。
军队是国家统治的柱石 ， 而战争环境残酷 ， 在旧时医疗条件下 ， 战争双方极力征战 ， 也极易引发疾疫 。有的时候 ， 朝廷也会直接派出医务人员赴军中控制疫情 。康熙二十年八月谕 ， “闻云南官兵疾疫甚多 ， 彼地苦无良医 ， 其令太医院医官胡养龙、王元佐驰驿前往调治” 。有时军方将领甚至也会直接向皇帝开口讨取药物 ， 以保证军队的战斗力 。乾隆五年 ， 带兵进剿湖南城步少数民族地区的将领直接向乾隆帝讨取药物 ， “再乾隆元年贵州古州之役 ， 皇上赏赐官兵平安丸 ， 治山岚时气甚效 。今适当暑月 ， 恐有时疫 。仰恳赏赐 ， 以备不虞” 。对于军中因疫而亡的官兵 ， 中央政府允许按照阵亡条件予以赏恤 ， “其有因瘴身故者 ， 均着奏闻 ， 照阵亡例交部赏恤” 。
其四 ， 最重要的一点是 ， 疫情发生后 ， 清廷一般会责成当地官员施药救治并开展赈济 。灾疫通常并行 ， 大灾必有大疫 ， 因而清廷对疾疫的关注与救治往往与救灾并行 。
救治条件较好的是京师及京畿地区 ， 由朝廷指派京师官员及相关机构救治 ， 有时也会由清廷直接指派太医院等机构配合治疫事宜 。康熙十九年 ， 京畿大饥 ， 灾民聚集京师地区 ， 廷议“其饥民内有患病者 ， 应令太医院及五城医生诊视、遣员管理” 。在灾情持续的情况下 ， “命五城粥厂再展三月 ， 遣太医官三十员分治饥民疾疫” 。（赵尔巽《清史稿》卷6《圣祖本纪一》）京畿地方发生疾疫 ， 以京师为中心并由步军统领衙门及顺天府等机构处置相关事宜 ， 也成为传统 。如道光元年(1821) ， “京城内外时疫传染 ， 贫民不能自备药剂 ， 多有仓猝病毙者 。”“着步军统领衙门、顺天府五城 ， 慎选良方 ， 修和药饵 ， 分局施散 ， 广为救治 。”有时候救治款项甚至会由内务府拨出 ， “以时疫流行 ， 发广储司银二千五百两 ， 分给五城 ， 为制备药料棺槥（huì ， 小棺材）之用” 。这相当于从内廷或者说从皇帝的口袋里开支治疫经费 。京师重地 ， 天子脚下 ， 步军统领衙门和顺天府为首 ， 加上京城本身较好的医疗条件 ， 有时甚至有太医院的支持 ， 其应对疾疫的能力确实远胜于地方 。
在地方则由当地官员直接负责救治与赈济 。康熙十八年初 ， “河南巡抚董国兴疏言 ， 陈留等二十一州县 ， 灾疫并行 ， 请发州县存贮米粟赈救 。得旨 ， 着先差往汝阳等处赈济官员 ， 会同该抚 ， 速行设法赈济” 。救治疾疫 ， 系地方官员基本职责 ， 一旦地方上发生疫情 ， 朝廷都会查问地方官员的救治措施与效果 。地方官员捐资不足 ， 动用官帑也成为一种常态 。道光七年 ， “浙江疫疠 ， 制备丸药 ， 两年内约用银五千余两 ， 刊刷救急方五万余部 ， 约用银四千余两” 。（《清宣宗成皇帝实录》）
疾疫流行往往与水旱灾荒并行 ， 因疫而蠲免也成为清代应对疫情的重要内容 。康熙七年 ， “以甘肃宁州、安化等五州县及庆阳卫 ， 康熙六年分 ， 民遭疾疫 ， 将丁银豁除 ， 并免地亩赋额一年” 。乾隆六年谕 ， 福建闽县侯官等地 ， “乾隆三年、五年 ， 该地方又值歉收疫气 ， 民力输纳维艰 ， 是以悬欠至今未楚 ， 朕心轸念 。着将此项银谷全行豁免 。俾闾阎无追呼之忧 ， 得以肆力于春耕” 。
地方上参与治疫的士绅人等 ， 也往往受到朝廷表彰 。雍正十一年 ， 江南沿海地方水灾并有时疫 ， “绅衿等复捐施方药 ， 资助米粮 。似此拯灾扶困之心 ， 不愧古人任恤之谊 。风俗淳厚 ， 甚属可嘉 。着该督抚宣旨褒奖 。将捐助多者 ， 照例具题议叙；少者给与匾额 ， 登记档册 ， 免其差徭 ， 并造册报部” 。（《清世宗宪皇帝实录》）实心治疫的地方官员也往往赢得好官声 ， 而以医术闻名者亦复不少 。福建长乐人陈念祖 ， 乾隆末举人 ， 多有医书著述 ， “嘉庆中 ， 官直隶威县知县 ， 有贤声 。值水灾 ， 大疫 ， 亲施方药 ， 活人无算 。晚归田 ， 以医学教授 ， 门弟子甚众 ， 著书凡十余种 ， 并行世” 。是即所谓青史留名者 ， 与清廷依赖地方政府治疫的政策相辅相成 。
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