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清代是中国流行疾疫多发的时期 ， 仅《清史稿》记载 ， 自顺治元年（1644）到同治十一年（1872）的228年中 ， 即发生较大的疫情300次（《清史稿》卷40《灾异一》） 。在对疾疫的应对中 ， 清代并未形成制度性的规制 ， 仅有约定俗成的惯例 ， 有一定规律可循 。本文仅就清王朝最高统治当局对疾疫的应对 ， 作一点初步梳理 。
首先 ， 各地出现疫情 ， 原则上必须及时上报中央 。
清初以降 ， 清廷亟于了解、掌控地方实际情况 ， 逐渐形成、完善了秘密奏事的奏折制度 ， 而地方官员因公出差或赴外地上任 ， 按惯例须将沿途地方的天气、农业收成、物价及当地官员的官声等情况 ， 及时奏报给皇帝 。在任的地方官员 ， 当然也须将所在地方情况上报中央 。在这一类报告中 ， 各地疫情是重要内容之一 。很多时候 ， 这种报告制度 ， 成为官员的基本职责 ， 即康熙帝所说的 ， “督抚为地方大吏 ， 凡水旱灾伤及疾疫之处 ， 即应据实陈奏 ， 屡有明旨” 。（《清圣祖仁皇帝实录》）有时候 ， 官员遇疫不报 ， 朝廷也会下旨查问 ， 如康熙四十八年（1709）九月 ， 谕令查问江南与浙江两地 ， “今年两省疾疫盛行 ， 人民伤毙甚众 。虽该省督抚未经奏闻 ， 而朕访知灾病之状 ， 深用恻然” 。乾隆元年（1736） ， 下旨查问陕西灾疫 ， “又闻陕省亦不为大收之年 ， 而且年疫盛行 ， 汝等何无一言奏及耶 。将此谕与查郎阿、刘于义并观之” 。（《清高宗纯皇帝实录》）
疫病奏报形成惯例 ， 清代文献中此类报告数量很大 。甘肃巡抚报告雍正六年（1728）五月西宁等地“因雨水稍觉愆（qiān）期 ， 疫疠流行 ， 兵民皆有传染 。臣仰体皇上敬天勤民之至意 ， 随行令布政使率同文武官弁 ， 虔诚祈雨 ， 一面配合太乙避瘟丹 ， 广行施济 。臣又配合祛疫丹茶 ， 在宁分发 。各营弁兵凡有传染者 ， 三五日即皆痊愈” 。（《朱批谕旨》卷49 ， 《朱批莽古立奏折》）很多时候 ， 不仅百姓疫情要上报 ， 与生产密切相关的牛畜疫情也是报告的内容 。如乾隆三年三月 ， “四川巡抚硕色奏 ， 四川牛疫 ， 请酌借仓谷 ， 为买牛之需 。得旨 ， 知道了 。牛疫之灾 ， 川省每有 ， 当思何以消弥方好” 。
应当提到的是 ， 疫情上报在清代只是惯例而不是或者不完全是一种制度 ， 因而隐匿或忽视、不上报疫情的官员 ， 有人会受到惩治 ， 也有人未受到惩处 。康熙四十八年九月 ， “安徽巡抚刘光美 ， 于地方灾伤 ， 隐匿不报 ， 应照溺职例革职 。得旨 ， 刘光美着降五级调用 。”而许多隐匿疫情的官员并未受到惩治 。
其二 ， 疫情多发时期或季节 ， 清廷往往会检查刑狱 。顺治时即有此类检查刑狱的情况 ， 到康熙时形成惯例 。康熙七年 ， 云南道御史黄敬玑奏称雨水不济 ， 应当清理刑狱：“刑狱一节 ， 上关天心 。自今春徂(cú)夏 ， 雨泽愆期 ， 则清理刑狱 ， 诚第一要务也 。请敕内外问刑衙门 ， 凡一应刑名 ， 早为审结 。除狱中重囚照旧监锢外 ， 其余一切情轻罪薄及牵连等犯 ， 即行保释 。务令狱无冤滞 ， 则和气可以致祥 。”并引顺治时成例为依据 ， “又查 ， 世祖章皇帝时 ， 曾有热审之例 ， 原虑暑天狱囚易致疫毙 ， 故减等速结 。今当此亢旸 ， 尤宜举行 ， 以答天心” 。所奏立即得到批准 ， 康熙帝立即清理刑狱 ， 同时下令将此做法推广至各省 。这种做法为清代历朝遵循 ， 也成为清代的常态 。如嘉庆二十三年(1818) ， 云南建水等地发生监狱囚犯死亡五十一人事件 ， 下令“该督抚务饬该州县官 ， 督率夫役埽除秽恶 ， 散给药饵 。上紧清理 ， 人命至重 。不可稍有怠忽 。至该管狱官 ， 查明并无凌虐情弊 ， 俱着免其开参” 。（《清仁宗睿皇帝实录》）直到同治时期 ， 清军与太平军已激战十数年 ， 天灾人祸并行 ， 严重的瘟疫导致战争影响地区人口锐减 ， 下令顺天府、步军统领衙门和刑部等立即减等审结各案 ， “前因京师时疫未除 ， 谕令在京问刑各衙门 ， 赶紧清厘庶狱 ， 迅速次第结案 。现在星变频仍 ， 上苍垂儆 ， 弥灾之法 ， 尤重恤刑 。允宜格外推恩 ， 以承天戒” 。（光绪《大清会典事例》）
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