KEGG 咋用( 二 )
8. KEGG DISEASE 【KEGG 咋用】 在这个部分,疾病被视为分子系统的扰动状态。
我们可以点击“Human diseases”、“Infectious diseases”、“Human diseases in ICD-11 classification”查看与疾病有关的通路。KEGG会展示每个疾病的描述、分类、相关的基因、病原、致癌物等信息。
9. KEGG NETWORK这部分和上面的KEGG DISEASE比较像,它是KEGG尝试从扰乱的分子网络中获取有关疾病和药物的信息。这部分主要包含了癌症、内分泌和代谢性疾病、病毒和细菌感染三部分内容。
10. KEGG DRUG这部分包含的药物为在日本和美国上市的药物。大家可以在上面的搜索框进行搜索或者查看下面的药物分类。
搜索结果如下:
点击蓝色的搜索结果里的蓝色超链接可以进一步查看具体药物和疾病的信息。
11. KEGG ENVIRON这部分主要是一些“原料药,精油和其他促进健康的物质”,收集了它们的分子结构、分子量、靶点、影响通路等信息。这也是这个数据库的一个对“什么才叫药物”的态度吧,我们日常认为的一些活络油,中草药等等就在不在上面说的“药物”范畴,而在这个里面了,研究中草药的同学可以看看。另外,这部分也收集了一些有害健康的物质。
12. KEGG MEDICUS这部分是疾病,药物和与健康有关的物质的综合信息资源,其目标是将基因组革命带入社会。
目标还是很宏大,也做了一些整合,就是将所有的信息放在了一个框架里,搜索的时候就会将每个部分的信息展示出来。至于怎么看待这种整合,就仁者见仁智者见智了。、
以上。
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■网友
你写详细点,你手上有什么数据,具体想得到什么。
■网友
正好这周的原文轮读轮到我,而我讲的第二章涉及到KEGG。这类数据库,像KEGG,GO,TCGA,结合R语言和Biocondutor会简单很多。建议楼主学点R语言基础知识,比如命令啊什么的。然后多看看相关的书籍,需要的话我可以发给你电子版。(没错,就是我们导师让我们读的这本)一起加油喔~我也在学R和TCGA呢~
■网友
首先得拿到差异表达的蛋白列表,然后输入Kegg数据库中查看这些差异表达的蛋白的相互关联以及上下游关联蛋白。
■网友
取决于你有多少数据,少的话去kegg官网就可以做,多的话,还是考虑付费下载数据在本地做
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