KEGG 咋用
进入网页后，主要关注下图方框里的内容，KEGG的主要数据就在这里了，包括：系统信息：Pathway（信号通路）、BRITE（生物实体的阶层分类）、MODULE（基因模组与功能分类）；基因组信息：ORTHOLOGY（基因直系同源组别）、GENOME（基因组）、GENES（基因与蛋白列表）；化学信息：COMPOUND（化合物）、GLYCAN（聚糖）、REACTION（生化反应）、ENZYME（酶）；健康信息：NETWORK（疾病相关的网络元素）、 DISEASE（疾病）、Drugs（药物）、MEDICUS（健康信息资源）。
或者也可以从KEGG2进入，网址为：https://www.genome.jp/kegg/kegg2.html 网页显示如下，内容分门别类，看上去较为整齐。
在KEGG2有一个比较重要的搜索框，用户可以直接在此搜索，选项“KEGG”表示在此表示在KEGG整个数据库中搜索，其他的选项则表示只针对该选项下的内容进行过滤筛选。
1. KEGG PATHWAY这部分应该就是大家最熟悉的啦，也是KEGG数据库最核心的部分。不过多赘述，有需要的留言，我改天再补充。
2. KEGG BRITE这部分是一个手动创建的分层文本文件的集合，捕获各种生物对象的功能层次结构。它包含5个部分：基因和蛋白、化合物和反应、药物、疾病、物种和细胞。与局限于分子间相互作用和反应的KEGG PATHWAY比，KEGG BRITE包含了许多不同的关系类型。大家可以根据自己的研究方向在对应的部分进行查找。
3. KEGG MODULEKEGG MODULE是人工手动定义的功能单元的集合，编号为M开头，用于基因组的注释和生物学解释。KEGG MODULE有三种类型：通路模块、结构复合体和功能集合。大家可以点击下图红色箭头所指的深蓝色字进一步查看。
4. KEGG Orthology总得来说，KEGG把分子网络的相关信息关联到基因组中，而推进物种间的注释流程。数据库会把功能已知的基因以及它们的同源基因作为一类，也就是一个KO，然后加上一个数字，将这个基因的功能当作这个KO的功能。
假设同源基因具有相似的功能，那么每个基因的功能多样性就得到了拓展，若A基因在甲物种中研究得很清楚了，和乙物种中的B基因是同源基因，那么AB是同源基因，定义为一个orthology，将A基因作为这个orthology的功能。这样不同物种间的基因功能研究就联系起来了，研究结果得到充分利用。
5. KEGG GENOME截止9月1日，这部分共收集了6105种物种（534 eukaryotes, 5272 bacteria, 299 archaea）的基因组信息和完整的基因组序列，并会根据EST数据集进行补充。
6. KEGG GENES这部分收集了真核生物、原核生物和病毒的基因在基因组上的信息，同时可进行基因聚类，搜索同源基因、旁系同源基因以及基因的motif。
7. KEGG SSDB这部分是基因组中蛋白编码基因的氨基酸序列相似性的数据库，同时可将相似的基因进行聚类。并且这部分还提供一个做聚类树的功能。输入基因，并点击“Draw dendrogram”即可。例图如下：
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