另需指出，约在东汉明帝永平十七年（公元74年），随着由瓜州径通伊吾的伊吾道（该道在唐代又名第五道 ， 或莫贺延碛道）的开通，玉门关遂东移至今瓜州双塔堡附近 。尽管如此，敦煌西北的玉门关仍在使用，并未废弃，史籍上名之为“故玉门关” 。特别是在唐代，于敦煌文书见 ， 矟竿道（敦煌向北径至伊州的道路）兴起，与伊吾道交替通行，矟竿道必经“故玉门关”而往 。
瓜州县双塔堡附近的玉门关
东汉中期以迄唐代 ， 玉门关关址又由敦煌西北迁至敦煌以东的瓜州晋昌县境内 。
《大慈恩寺三藏法师传》记载，唐玄奘西行求经，于唐太宗贞观三年（公元629年）九十月间抵达瓜州晋昌城（今锁阳城），在当地询问西行路径，有人告知，从此北行50余里有一瓠瓜庐河 ， “下广上狭，洄波甚急，深不可渡 。上置玉门关，路必由之，即西境之襟喉也” 。玄奘遂在瓜州找了一位胡人向导，于半夜到达河边，遥见玉门关 。“乃斩木为桥，布草填沙，驱马而过” 。瓠瓜庐河即今流经河西走廊西部的疏勒河 。此处标明瓜州晋昌城以北50余里的瓠瓜庐河上置有玉门关 。《隋书·西突厥传》《元和郡县图志》等亦记玉门关在瓜州晋昌县界 。笔者考得这一玉门关位于瓠瓜庐河（疏勒河）岸边，关址设在汉长城昆仑塞上 ， 为伊吾路的起点，其位置恰在双塔堡附近 。这里正处于当时东西、南北交通的枢纽之地，东通酒泉，西抵敦煌 ， 南连瓜州（锁阳城），西北与伊州（今哈密）相邻 。且傍山带河 ， 形势险要 。其四周山顶、路口、河口要隘处今仍存古烽燧11座 。
玉门关址由敦煌西北东迁至今瓜州县双塔堡附近的时代约在东汉明帝永平十七年（公元74年），考察关址东迁的原因，显然与当时伊吾路（即由瓜州经玉门关径趋西北直达伊吾的道路）之开通直接相关 。《后汉书·明帝纪》载，永平十七年“遣奉车都尉窦固、驸马都尉耿秉、骑都尉刘张出敦煌昆仑塞，击破白山虏于蒲类海上，遂入车师” 。通过考察判断，昆仑塞为汉敦煌郡境内长城的重要区段之一，属宜禾都尉辖，其遗迹正是位于今双塔堡以北一带的塞墙 。白山即今哈密市北境的天山东段，蒲类海即今哈密以北约140公里天山北麓的巴里坤湖，车师在今吉木萨尔县境 。《后汉书·耿秉传》亦记此役：“十七年夏，诏秉与（窦）固合兵万四千骑，复出白山击车师 。”《后汉书·窦固传》则记载，是年“复出玉门击西域 ， 诏耿秉及骑都尉刘张皆去符传以属固 。固遂破白山，降车师” 。此处“玉门”当指玉门关 ， 可见此时的玉门关已经在汉昆仑塞上，窦固等率军所出昆仑塞，实际上是从玉门关发兵的，所走的路线即是由这一玉门关径向西北直趋伊吾（哈密）、车师的伊吾路，也即唐之第五道 。由此可知，早在东汉永平十七年 ， 随着伊吾路的开通，双塔堡一带就设有玉门关 。伊吾路将瓜州与伊州直接连通起来，与以往相比，缩短了驿程，玉门关自然亦随之东徙瓜州 。
五代宋初的玉门关
通过考察资料 ， 石关峡这一最早的玉门关址，迨及五代宋初，又被重新利用再设玉门关 。
证据之一：敦煌遗书《西天路竟》（S.0383）：“灵州西行二十日至甘州 ， 是汗王 。又西行五日至肃州 。又西行一日至玉门关 。又西行一百里至沙州界 。又西行二日至瓜州，又西行三日至沙州 。”当时由肃州西行一日可抵玉门关，此玉门关无疑为石关峡 。由此玉门关西行至沙州界（即当时沙州归义军政权所控制域界）尚有百里，至瓜州（今锁阳城）则需百里再加二日，约三天的路程 。瓜州位于肃州西约400里，则距上云玉门关约300里许，恰合三天行程 。由瓜州至沙州又需西行三日，而沙州恰位于瓜州西300里 。可见S.0383所记行程清晰准确，此时的玉门关即今石关峡 。
证据之二：宋人曾公亮《武经总要》前集卷18肃州酒泉郡条记，肃州“西至玉门关七十里”；同卷河湟甘肃瓜沙路条记：“肃州又九十里渡玉门关” 。肃州西至玉门关70里，渡玉门关90里（渡，当为渡过、穿过之意），可见玉门关长约20里，这恰与石关峡的长度10公里相符 ， 此亦可证前考石关峡为最初所置玉门关无误，均为一天的路程，与S.0383所记合 。由此证明宋初的玉门关确位于肃州城西一天行程之处 。
证据之三：五代后晋高居诲《使于阗记》载，由肃州“渡金河，西百里出天门关 ， 又西百里出玉门关，经吐蕃界” 。金河 ， 即源出祁连山北麓，流经酒泉城西、城北的讨赖河，下游名北大河，汉时谓之呼蚕水 ， 唐、五代唤作金河 。考之史籍，肃州附近从未设过天门关，所记天门关在肃州西百里，百里系取成数 ， 其位置相当于上引史料中的玉门关,“天门”当为“玉门”之误，因字形相近或字体漫漶致误 。顾祖禹《读史方舆纪要》卷63早就指出，此处的天门关即玉门关 。至于所记肃州渡金河西二百里的玉门关 ， 实则为当时玉门县的所在，而非玉门关 。两唐书《地理志》《元和郡县图志》卷40、《通典》卷172等皆云，玉门军在肃州西二百里许，天宝十四年改军置玉门县 。故知高居诲之玉门关实为玉门县之讹 。《大清一统志》卷212、清《玉门县志》等史籍亦认为这里的玉门关盖玉门县之误，依其位置来看，五代玉门县的所在亦正是位于今玉门市赤金绿洲的汉玉门县故址赤金古城 。
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