荧光显微镜 imagej细胞计数
Imagej细胞计数(荧光显微镜)
在之前的文章中,锐缘君为大家分享了ImageJ软件,有需要的小伙伴可以戳研究人员必备的图像处理软件——ImageJ软件分享查看详情 。在此,剑君为大家带来第一期ImageJ使用教程 。在进行细胞实验时,人工计数细胞是一项极其枯燥和耗费精力的工作 。下面我们来看看如何使用ImageJ实现细胞自动计数,解放双手 。
自动细胞计数-一...
导入图像打开您想要处理的图像 。这里,我们以DAPI免疫荧光染色照片为例来说明 。如下图 。
单击“文件”>“打开”>,打开准备好的图像,或者将图像直接拖到菜单栏中打开它 。如下图 。
-二-
将图像转为8-bit首先要把图片变成黑白的灰度图像,方便后续识别细胞 。
点击图像>文字> 8位,图像就会变色 。
-三...
调整阈值,去除背景,选中细胞①点击图像>调整>阈值调整阈值,主要是选择单元格区域;
②因为剑君在这里选择了B&W(黑白),所以图像中的黑色区域就是被选择的区域,可以在这里更改 。如果变成红色,红色区域就是选中的区域;
③另外,我们发现阈值窗口中有两个调整框,我们可以通过左右拖动调整框中的滑块来调整选中的区域 。原理是在去除背景杂质的同时,尽可能包含所有细胞 。
④拖动后点击应用,阈值设置完成 。
四个
填补细胞核的空隙在调整阈值以减少背景的同时,细胞的一些不均匀部分也可能被削弱 。这时候就需要填补空缺口,让细胞变成实心球,让自动细胞计数的结果更可靠 。
单击处理>二进制>填充孔洞 。如果没有空的单元间隙,这一步就没必要了 。
-吴-
打断细胞核的重叠部分当细胞密度相对较高时,通常会有细胞重叠或非常接近 。这将导致软件识别两个细胞粘在一起作为一个 。这时候就需要用分水岭来自动识别重叠部分,然后把两个细胞分开 。
单击处理>二元>分水岭 。这时,你可以看到粘附的细胞已经分离 。
-卢-
自动分析、计数颗粒单击“分析”>“分析粒子”打开“分析粒子”界面,根据不同的处理图像设置不同的参数 。
尺寸:Size:0.05-Infinity——指分析粒径大于0.05(请注意这里的单位是英寸)的颗粒,最大为Infinity 。(根据单元格大小变化,结果有好有坏 。)通常,您可以通过选择框工具来选择最小的单元,然后单击分析>测量来查看其大小 。如果我们在这里显示面积是104,我们可以将大小设置为90-无穷大 。
圆度:0.00-1.00-指的是圆度,可以根据细胞形状进行调整 。1.00是标准的圆,通常只根据大小来限定 。
show:overlay-指原始图片中分析结果将显示在其上的外框 。
排除在边上-不计算边上的粒子 。
设置完成后,点击确定,会出现以下结果 。结果窗口显示细胞的计数和每个细胞的面积,总共有162个细胞 。
此外,我们可以检查原始图像中是否有遗漏或多选的单元格 。如果有,我们可以返回到大小设置页面重新设置阈值,再次进行统计 。
以上就是利剑君给大家带来的用ImageJ软件自动计数细胞的方法,需要注意的是,自动计数的结果并不是绝对准确的 。您应该根据自己的经验优化参数设置,使结果更加可靠 。
【荧光显微镜 imagej细胞计数】
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