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快速树突棘密度分析方法及细胞计数 imagej细胞计数


快速树突棘密度分析方法及细胞计数 imagej细胞计数

文章插图
Imagej细胞计数(快速树突棘密度分析方法和细胞计数)
树突棘位于神经元的树突上形成突触，与学习记忆密切相关 。树突棘有以下四种形态:细长型、蘑菇型、短粗型和丝状伪足型 。在其信息资源网络中，细长的丝状伪足被认为是不成熟的，而短粗的和蘑菇是成熟的 。
高尔基染色利用神经元的银白色可以很好地显示神经元和树突棘的形态 。虽然树突棘的数量不能与突触活动的数量直接相关，但树突棘的密度分析可以用于评估突触连接性和突触可塑性的过程 。
因此，树突棘的密度分析广泛存在于神经科学研究中 。然而，树突棘的人工计数需要时间，并且在不同的观察者之间存在明显的差异 。今天给大家分享一个树突棘密度分析的快速评估方法和一个细胞计数的方法 。
一个
工具:适用于各种操作系统的http://imagej.net/Downloads, 。
分析步骤:
步骤1:从高尔基染色照片中截取待分析的树突:
打开斐济，文件，打开要分析的树突棘图片(以DG为例) 。
将图像从RGB图像更改为灰度图像:图像，类型，8位 。
将图像转换为二值图像:Image，Adjust，Threshold(调整阈值，直到树突和树突棘被完全选中)，点击Apply，完成二值化 。
二值化后的图片如下(黑色或白色，灰度值为0或255):
第二步:校正标尺:单击直线工具 。
按住Shift键在标尺上绘制一条直线 。
分析，设置比例，在已知距离内填入10 m，选择全局修正比例，对本次打开的所有图片有效 。此时，步骤1中的226 x 61像素也变成了下图中的40.36 x 10.89m 。
第三步:对二值化图像进行骨架化:处理、二值化、骨架化，得到骨架化图像 。
清除刻度以防止其干扰树突棘计数:检查文件菜单下矩形框中的刻度位置，如下图所示 。
编辑，清除(清除复选框中的内容):
第四步:通过骨骼图像分析树突棘的数量:Analyze，Ske信息资源网leton 。选择以下选项，然后单击确定 。
得到结果:
有25个端点体素，它们有25个树突棘(上图中的蓝点) 。
结果最长路径为45.31 m(树突的长度)，即此图像中树突的密度为25/45.31 = 0.55/m，一般纵坐标为棘密度(棘/10m)，此图像为5.5 /10 m 。
为了验证该方法的准确性，对该方法和人工计数法进行了研究 。Bland-Altman比较表明，该方法与人工计数一致 。
2
刚刚和大家分享了一个树突棘密度分析的快速评估方法 。现在我以高尔基染色的树突棘和细菌菌落为例，分享一些细胞计数的基础知识 。
1.人工树突棘计数
与自动计数法相比，人工计数费时费力，且不同分析人员之间存在主观差异 。不过它的优点是精度更好，也适用于一些不能自动计数的图片 。
打开ImageJ软件，文件并打开以打开要分析的图像:
单击点工具，右键单击，然后选择多点工具 。
根据肉眼判断，依次点击鼠标右键进行计数(测试手速):
点击分析，测量，可以看到此时计数为16 。当然，你也可以看到最后右击的数字是树突棘的总数 。树突棘的人工计数与其他细胞类型一致 。
2.细胞计数器插件执行手动计数 。
当有多种类型的细胞需要计数时，上述方法1中的多点不适用 。我们可以用插件，分析，细胞计数器来计数，这样的好处是可以标记不同的细胞类型 。其界面如下:
具体方法是打开要分析的图像，点击插件、分析、细胞计数、初始化，选择不同类型(图中类型1—类型8)对不同类型的细胞进行计数 。
这种方法可以同时计数不同类型的细胞，如四种不同类型的树突棘:细长型、蘑菇型、短粗型和丝状伪足型，可以根据初始形态图像的特征进行区分 。单击单元格计数器中的结果以查看不同类型单元格的数量 。
3.自动计数
树突棘一般是人工统计的，今天介绍的树突棘快速密度分析方法是信息资源网络的一种更快速的方法 。现在以细菌菌落为例来说明自动计数的基本过程 。
打开图片:
将RGB图像转换为灰度图像:图像，类型，8位 。
选定、图像、调整、阈值、选定阈值，红色表示选定 。
培养皿边缘突出的部分影响菌落的选择，利用椭圆框粗略选择菌落所在的区域 。
分析，分析粒子，选择以下，点击确定，得到计数结果:
【快速树突棘密度分析方法及细胞计数 imagej细胞计数】


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