在《荡寇志》中，毕应元是云天彪团队中的一员战将。他本是曹州府的押狱司狱官。招安钦差在境内遇害时临危受命，毕应元以微末之职，凭着超群的智谋，将案件审定查明，挫败了宋江、吴用精心设计的惊天阴谋，得到了贺太平的器重和提拔，留任济南府推官，青州出缺后补任知府。至此，他与马陉镇总管云天彪同心协力治理地方，并向军中推荐了一位力敌鲁智深、武松的猛将。官军征讨梁山时，毕应元隶属云天彪，并在率部征战中取得了收降一员梁山招贤堂猛将，擒杀一天罡、一地煞的总战绩。
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根据书中的描述，毕应元足智多谋、仪表堂堂，能骑得劣马、拉得硬弓，善使一杆长枪，但武艺不算太高，在雷部三十六将中排第十位。他首次出场是在该书的第二十三回。监察御史侯蒙被朝廷任命为东平府知府兼招抚钦差，带着圣旨前往梁山招安，在曹州境内的驿馆中遭到了自称猿臂寨女将陈丽卿的人行刺，当场气绝身亡。负责迎接钦差的小温侯吕方、赛仁贵郭盛等人力战不敌，待陈丽卿逃脱后向当地府衙报案。谁知，临时接管曹州府印信的盖天锡不问青红皂白，竟然将原告吕方一干人等全数擒拿，只有赛仁贵郭盛侥幸逃脱，匆忙返回山寨报信。
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梁山众头领闻讯后，立即商议对策。在吴用的建议下，梁山一面写好诉状前往曹州府衙鸣冤叫屈，索要无辜被扣的吕方等人，一面筹备兵马准备血洗猿臂寨报仇，必要时也会挥师曹州府抢回含冤受屈的头领。盖天锡和东里司巡政张鸣珂经过一番缜密勘察和商议后，顿觉此案疑点重重，但苦于缉拿不到行凶者，仅听梁山众人的一面之词无法定论。更为致命的是，曹州府中并无重兵把守，一旦梁山兴兵抢人，不仅刺杀钦差这般大案无法侦破，一州之地恐怕也难以保全。正当二人进退两难时，张鸣珂忽然想起了时任押狱司狱官的毕应元，当即命人将其请入府衙共商大事。
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毕应元得知两位上司的困惑后，只略一思索便随口说道：“两位相公不必惊慌，想决此事并无多难。区区一个吕方，梁山得之并无大用，我等得之反受其害。依小吏愚见，不如放他回山，免给梁山兴兵的口实。梁山喽啰中有一小头目名叫钱吉，此人色厉胆薄，实乃是无用之物。只需小吏略使伏窝之计，必能从其口中探知此中原委。”随后，盖天锡、张鸣珂依计而行，事先在众人出逃的路上设下埋伏，实施缉捕时故意漏掉吕方，将毕应元、钱吉等人擒回府衙关在一处。通过毕应元的精心谋划，钦差遇刺一案终于大白于天下，更是揭开了宋江、吴用精心设计的一场惊天阴谋。
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原来，宋江虽然一直力主招安，但鉴于朝廷上奸臣当道，唯恐招安后惨遭陷害。因此，得知朝廷下达招安的旨意后，便和吴用密谋，命吕方率领亲随下山迎接钦差，郭盛则冒用陈丽卿的身份假扮行刺。这样一来，既能使招安一事缓上个三、五年，又能趁机咬死猿臂寨，借用朝廷之手剪除强敌。谁知，宋江、吴用处心积虑的精心谋划，竟然被一个名不见经传的狱官轻松挫败。此案审结后，毕应元押解人犯前往都省交差，受到了贺太平的器重和提拔，留在济南府担任推官，后奉命出任青州知府。
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毕应元到任后，与时任马陉镇总管的云天彪相见甚欢，并为其推荐了一位勇武战将庞毅。庞毅从军时虽然已是七十三岁高龄，但论及勇武和战力，与正值壮年的花和尚鲁智深、行者武松等梁山名将却能势均力敌、难分高下，随军征讨梁山时的战绩更是令人惊叹不已。官军征讨梁山时，毕应元隶属云天彪，率部征讨梁山期间立下令人瞩目的战绩。
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