在《搜神记》中，除了人们熟知的黄河水神一一河伯冯夷，干宝还记录了很多生活在其他水域的神仙，不妨称之为水神或者水君。晋人崔豹在《古今注》中说道：
水君，状如人，乘马，众鱼皆导从之，一名鱼伯。大水乃有之。汉末有人于河际见之。人马有鳞甲，如大鲤鱼，但手足目鼻与人不异耳。见人良久，乃入水中。
可见，魏晋时期这些神话传说中的水神大体上仍然保留了人的外貌。《搜神记》中提及的水神大体如下：
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东海君
在《搜神记》中，干宝两次提及这位水神。一则见于《新辑搜神记》：“陈节方谒诸神，东海君以织成青襦一领遗之。”襦，短袄也。二则便是《搜神记》所载的周文王以太公姜望为灌坛令的故事。这个故事同样见载于《博物志》，二者的记录基本相似。说的都是姜太公在灌坛担任灌坛令时当道有德，使得当地风调雨顺，百姓安乐。
然而却有一美貌妇人入周文王梦中挡道哭泣。周文王问其缘故，那妇人便解释说，她是东海君的妻子，想要经由灌坛返回东海，但是作为东海水神的妻子，她一旦行动便会伴有大风疾雨，然而，大风疾雨会损毁太公望治理灌坛的德行，影响百姓的生活，她因此而焦急大哭。事后文王召见了太公，放东海妇归去。
这一水君的形象在《搜神记》中比较模糊，都是通过他人的角度来进行侧写的。其性情脾气、生平事迹亦难以知晓。
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南海君
在《搜神记》中载有一则东汉末年的旧事，说的是河东出了一位神君，号曰度朔君，百姓为他立庙祭祀。有一苏姓士子因为母生病而前往度朔君庙祭祷，恰逢南海君也来此拜访度朔君。这位水神“着白布单衣，高冠，冠似鱼头”，并与度朔君感叹三千年前二人一起在庐山分享白李的往事。
从称谓上来看，南海君大概与前文提及的东海君为同等级的水神。这位水神有着人的形象。他穿单衣，带高冠，俨然一方文士。言谈举止甚为亲和，并不盛气凌人。还会像一个普通人类一样回忆往事，感叹时光的流逝。
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彭泽湖青洪君
在《搜神记》中还有一个十分有趣的故事一一青洪君赠婢。在李剑国先生的《新辑搜神记》中称之为青草湖君，因各版本的具体叙事略有不同，在此不详论。这个故事说的是庐陵（今江西省吉安市）人欧明，以经商为生。他每次经商路过彭泽湖的时候，都将船中物品投入彭泽湖中，作为送给彭泽湖水神的礼物。如此几年之后，欧明再次路过彭泽湖时，忽见湖中出现一条大路，路地上有几个小吏模样的人，他们对欧明说，彭泽湖的水君青洪君邀请他前去饮宴，并且派了车马前来迎接他。
欧明十分惊恐，却不敢违拗，只得匆忙赴约。青洪君却表现得温文有礼。称是因为感动于欧明历年以来的馈赠，想要答谢一二。在青洪君手下小吏的指点下，欧明讨要如愿作为谢礼。事后才明白，原来如愿是青洪君的侍婢。拥有可以让人心愿得偿的法力。欧明回乡后，在如愿的帮助下，获得了巨大的财富，几年后便成为当地的大富之家。
从这个故事中我们看到，青洪君作为彭泽湖的水神，并没有依仗神力为害一方，反而是一个有礼有节的谦谦君子。他感谢欧明的馈赠，虽然不舍，仍将爱婢如愿送给他，成就一段佳话。这也是后世成语“如愿以偿”的出处。
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河神巨灵
巨灵本是神话传说中劈开华山的河神，也有说巨灵便是黄河水神的。《搜神记》在描述巨灵劈开华山时这样写道：“二华之山，其本一山也。挡河，河水过之而曲流。有神排而分之，以利河流，其手足迹，于今存焉。”足可见其身形魁梧、力大无穷。因此，东汉张衡在写《西京赋》时还夸赞河神，称道：“巨灵赑屃，高掌远蹠，以流河曲。”
