明朝施行两京制 ， 而且有两套几乎一模一样的朝廷机构 ， 一套在北一套在南 ， 虽然明朝南京的六部没有北京的六部那么繁忙 ， 但却也并不是摆设 ， 都有自己的职责 。
南京是江南地区最重要的城市之一 ， 历史上定都在此的政权颇多 ， 朱元璋参加反元起义时 ， 其帐下谋士冯国用就曾建议将来定都金陵 。
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【明朝|明朝施行两京制，两套几乎一模一样的朝廷机构，意义何在？】金陵 ， 也就是南京 ， 乃是龙盘虎踞之地 ， 千古帝王之都 ， 而且两宋开始 ， 江浙地区的经济冠绝天下 ， 占据金陵就等于坐拥江浙的财富 ， 这对于一个王朝的诞生、崛起与兴盛是非常重要的 。
不过 ， 由于历史上定都在南京的朝代往往都存在得比较仓促 ， 而且对于明朝广袤的疆域来说 ， 南京的地理位置有点偏南 ， 不足以辐射稳定全国 ， 所以朱元璋也并非没考虑过迁都 ， 朱元璋想来想去 ， 选定了北平、西安与洛阳三个地方做备选 ， 但最终由于朱元璋还没来得及想好就突然驾崩 ， 迁都的事情也就没有进行 。
靖难之变后 ， 朱棣最终决定将都城迁离南京 ， 迁至北平 ， 而他这么做也很简单：
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一 ， 朱棣夺位 ， 抽走了北方大量的明朝精锐 ， 使得大宁、东胜等诸卫内迁 ， 防卫空虚 ， 明朝北方的界限大幅后退 ， 而朱棣以自身为鉴 ， 不放心藩王与将军镇守 ， 所以干脆迁都北平 ， 由自己亲自镇守北方 ， 形成所谓的天子守国门；
二 ， 北平毕竟是朱棣的“龙兴之地” ， 而南京的前朝势力非常强大 ， 朱棣在南京总是觉得比较不自在 ， 将都城迁到北平 ， 对于朱棣巩固自身的皇位是有好处的 ， 而朱棣也想借此给自己继位一个合理的理由 ， 所谓“自昔帝王 ， 或起布衣 ， 平定天下 ， 或外藩入承大统 ， 而于肇迹之地 ， 皆有升崇” 。
朱棣虽然将都城迁到了北平 ， 并且将其改名北京 ， 但依旧保留了南京的地位 ， 只是将南京改为留都 ， 而迁都的过程并非一蹴而就 ， 期间还有很多事情需要处理 ， 因此南京的六部等机构并没有裁撤 ， 迁都完成以后 ， 南京的诸司衙门实际权限大幅削减 ， 但仍旧被保留 。
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永乐后期开始 ， 所有南京诸司衙门的行文署名前面 ， 都加上“南京”两个字 ， 形成了独具明朝特色的南京六部 。
按照规制 ， 南京六部各部设尚书一人 ， 左右侍郎各一人 ， 不过南京的吏部没有员外郎 ， 有时候南京的六部也不设左侍郎只有右侍郎 ， 但除此以外 ， 南京六部的机构架设 ， 与北京的六部基本无二 ， 相差无几 。
而南京六部的主要职能 ， 与北京六部也有很大区别：
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南京兵部：
执掌南京周围 ， 南直隶诸州府49个卫所 ， 这些卫所全部属于南京兵部的管辖指挥 ， 会同南京守备勋臣还有镇守太监 ， 一起负责南京的安全 。
南京吏部：
负责南直隶地区的所有大小官吏的京察考功 ， 北京的吏部不得干涉 。
南京刑部：
掌握南直隶诸司、公侯伯府与京卫所的刑名 。
南京工部：
基本职责与北京的工部基本相同 ， 只不过南京工部只负责南京与南直隶还有周边诸省 ， 并且南京工部也负责南方各省的部分征税 ， 南京户部刷印盐引勘合的铜版 ， 也是南京工部铸造 。
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