阿勒坦汗对格鲁教派的贡献可见一斑，为了表达谢意，索南嘉措回赠了“转千金法轮咱克喇瓦尔第彻辰汗”的称号，并将二人的会晤比作元初忽必烈与八思巴的结盟，寓意阿勒坦汗是忽必烈的转世，从而解决了合法性问题。
有了佛教的支持，阿勒坦汗不仅巩固了统治的根基，还成为少数得以善终的汗王。在阿勒坦汗的带动下，封建王公频繁进藏熬茶，以巨额布施换得赐号和前世。这样每个万户或部族首领都可以称汗，还有资格与蒙古大汗和黄金家族相对抗。
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