中大唯信-唯信计算|Protocols | 计算配体结合自由能的新工具FMAP，Nature( 三 ) ：NatureProtocols|计算配体结合自由能

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最后，作者将FAMP应用到了苯甲酰胺-胰蛋白酶体系（图4），通过该方案计算得出的胰蛋白酶-苯甲酰胺的绝对结合自由能为?8.2±0.5kcal/mol ，与先前的实验工作中报道的几乎完全一致，并且苯甲酰胺结合模式的三维结构与X射线晶体学揭示的结构十分接近（图5），显示了FAMP方法强大的可靠性和计算准确性。

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图4苯甲酰胺-胰蛋白酶体系的BFES
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图5苯甲酰胺结合模式的FAMP计算结果（灰色）与晶体结构（橙色， PDB:4i8g）的比较
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参考文献
Ligandbindingfree-energycalculationswithfunnelmetadynamics.StefanoRaniolo,VittorioLimongelli.NatureProtocols.2020:2837–2866.DOI:10.1038/s41596-020-0342-4
Funnelmetadynamicsasaccuratebindingfree-energymethod.Limongelli,V.etal.Proc.NatlAcad.Sci.USA110,6358–6363(2013):DOI:10.1073/pnas.1303186110

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