利用16S测序等方法分析菌群丰度之后,怎样进行验证
差异物种的识别本质上来说是从两个不同的总体中抽样,对样本进行某种差异检验来判断是否能以较高概率保证两个总体存在差异。
即便研究的对象不是厌氧细菌,这个问题也是如此。验证的方法基本上有两种。
一、从结果出发,分析相应差异物种的代谢、功能,发现这个物种对环境影响的内在规律,进而从量化规律出发计算两总体的精确分布。
二、进行独立验证。
Microbiome biomarkers of a given condition are often strongly study dependent. It is thus crucial to validate biomarkers across technologies and cohorts to enhance reproducibility and minimize batch effects.——Shotgun metagenomics, from sampling to analysis出于严谨的目的,大部分discovery只会在极高的置信水平下得出,但是仍然很难排除实验操作、分析方法等差异带来的batch effect,因而独立验证是有价值的。
■网友
怎么验证呢?其实很简单,你就假设这个世界上没有“高通量测序”这么一项技术,这种情况下你会怎么设计实验去解决你面前的这个科学问题?想清楚了以后按照那个设计做一遍就行了。
统计显示有差异的要验证,为了排除假阳性,嗯,好。那统计检验显示没有差异的为什么不验证?假阴性就不管了?
要么你不相信组学和统计学,要么就尊重组学和统计学得出的结果。
高通量技术和低通量技术不是前者给后者当过滤器、垫脚石的关系。先用高通量方法搞一组候选然后用低通量方法逐个验证,这让人有一种早期三代战斗机上拿机械仪表给数字仪表当备份的既视感……
担心高通量方法的准确性不够就好好改进高通量方法和统计算法,使得得出的结论更准确可靠。别总想着fallback到旧方法。
■网友
【利用16S测序等方法分析菌群丰度之后,怎样进行验证】 能够找到差异菌的特别标志物,通过标准物进行验证
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