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《神农本草经》是战国、秦、汉以来药物知识的总结 。这部书里就带有明显的方士和仙道的色彩 。它把药物分为上、中、下三品 。上品药一百二十种，久服可以轻身益气，不老延年 。中品药百二十种 ， 可以抗御疾病 ， 补虚弱 。下品药百二十五种，可以除寒热邪气 ， 破积聚 。葛洪引《神农四经》说:“上药令人身安命延，升为天神 ， 遨游上下，使役万灵，体生羽毛，行厨立至 。……中药养性（生），下药除病” 。（《抱朴子?仙药》）可见上药就是修道求仙所追求的，这些药物大都出战国秦汉时方士所传，其中对好些药物都说:“不老神仙”，“长生不老”就是证明 。在《汉书?艺文志》里就把“医经”、“经方”、“房中”、“神仙” 四类书同列于方技略，正说明古代迷信与科学是互相杂糅混在一起的 。在上品药物中列于首位的就是历代方士奉为仙丹妙药的丹砂 。葛洪说:“仙药之上者丹砂” 。（《抱朴子?仙药》）“丹砂烧之成水银，积变又还成丹砂 ， 其去凡草木亦远矣，故能令人长生 。”（《抱朴子?金丹》）葛洪在炼丹中做过这样的实验 ， 把丹砂（HgS）加热离解出水银，水银和硫黄反应，加热升华，又生成丹砂 。道士们不理解其中的化学反应 ， 把它看得很神秘，视为仙丹，结果许多人服之中毒而死 。李时珍批判道:“水银乃至阴之精 ， 禀沉着之性 。得凡火锻炼，则飞腾灵变，得人气熏蒸，则入骨钻筋，绝阳蚀脑，阴毒之物，无似之者 。……《抱朴子》以为长生之药 。六朝以下贪生者服食 ， 致成废笃而丧厥躯，不知若干人矣 。方士固不足道，《本草》其可妄言哉!”（《本草纲目》卷九水银条）
葛洪（283-363年）丹阳句容（江苏句容县）人 。他“综练医术”，（《晋书》本传）是著名的医药学家 。葛洪医药方面的著作有《玉函方》一百卷，《肘后要急方》四卷，《神仙服食药方》十卷，《黑发酒方》一卷等 。他感到医药的方书卷帙烦重 ， 加以选辑整理，编撰成《玉函方》一百卷 。又将方便经验方编撰为《肘后要急方》 ， 用以救急，便于携带，可以悬于肘后，故又名《肘后救卒方》，简称《肘后方》 。它包括传染病、慢性病、外科、眼科、小儿科及兽医等各方面 。对各种病的起源、病状、治疗方法都有所叙述 。如其中关于痘症（天花）流行和结核病的记述是世界医学史上最早的记载 。又提出用狂犬脑敷贴伤口来治疗狂犬病的方法，这也为后来科学证明狂犬脑里含有抗狂犬病毒的物质 。《肘后方》经陶弘景增补为《肘后百一方》，“取佛书人有四大 ， 一大辄有一百一病之义名之” （《直斋书录解题》） 。以后金代杨用道又取唐慎微《证类本草》中所附药方，加以增补，名为《附广肘后备急方》，足见这部书为历代医学家所重视 。
陶弘景（456-536年）丹阳秣陵（江苏南京）人 。弘景知识广博，是南朝著名的道教学者 。史称其尤明“医术本草” 。（《梁书》本传）他的医药学著作有《本草集注》 ， 增补葛洪《肘后方》为《肘后百一方》，还有《药总诀》、《效验施用药方》、《集金丹黄白要方》、《服草木杂药法》、《灵方秘奥》等 。
如上所述，由汉代结集的一部古代药典《神农本草经》载有药物三百六十五种 ， 分为上中下三品，这一分类法受炼丹方士的影响，认为上品药服之可以成仙 ， 显然是不科学的 。《本草》经过汉魏晋以来的历代传抄，字义残缺，品次错杂 ， 弄得很混乱 。陶弘景是精通药物学的，他在《本草》学上的贡献是:（一）整理了《神农本草》，陶弘景在《本草集注》中改变了把药物按上中下三品分类的方法，他根据药物种类的不同分为玉石、草木、虫兽、米食、果、菜及有名未用七大类 ， 这种分类法显然比三品法更科学、更明确一些 。以后唐代的《新修本草》和明代李时珍的《本草纲目》的分类都是在这基础上加以改进的 。（二）根据汉魏晋以来几个世纪许多名医用药的经验加以提炼总结，于《神农本草》三百六十五种药物之外，又增补了三百六十五种药物，取名为《名医别录》 ， 把《本草》中药物发展成七百三十种 。（三）对药物的性能、形状、特征、产地都加以说明 。对于一种药物有多种性能的，就以它主要的功能为本 。中医在用药上本有君、臣、佐使的分别 。但在《神农本草》中则以上品为君，中品为臣，下品为佐使，这种机械的划分显然是受了炼丹家方士的影响 。陶弘景以药物主治之病来确其性能 ， 如治黄疸病的药有茵陈、栀子等，祛风的用药有防风、防己、独活等 。这是对《本草》学的一个重要的发展 。（四）在药物的配伍使用上，以主治之药为君，辅助的药物为臣、佐使，又根据人的老少、男女、身体的虚实以及各地的生活习惯、环境的不同进行辨证论治 ， 发展了《本草》学 。


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