日本的原始宗教发源于弥生时代，属于一种比较原始的农耕社会宗教，也称为“原始神道”。这一时期是中国的东汉时期，在《三国志》中也有对日本这种“原始神道”的记载。这一时期的日本人，产生了神灵祭祀和对神灵的崇拜，会在每年的春季和秋季进行“预祝祭”和“收获祭”，也建成了一些神殿，在里面放上据说是祭司与神灵交流后，神灵依附过的一些物件，被称为“依代”。到了日本的奈良时期，日本的神仙体系逐渐健全，产生了各种神灵。这些神灵包括祖先神、观念神、产灵神、繁殖神等等，而日本的最高大神——天照大神也开始出现了。
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在日本神道体系中，天照大神是太阳神，是日本皇室的祖先，日本天皇就是天照大神派往人间的代表。在日本神话传说中，天照大神的弟弟素盏鸣尊被逐出天庭后，降落在日本成为这块土地的统治者，之后他将统治权传给儿子大国主命。但是天照大神从大国主命手中夺回了日本的统治权，并派自己的天孙降临这块土地，天照大神亲自赐给天孙三件神器，这个拥有草雉剑、八尺琼勾玉，八咫镜的天孙便成为了日本初代天皇，而原始神道也摇身一变，成为日本的国家性宗教，在之后的历史中与日本政权保持了紧密的联系。公元五世纪，日本第一个全国性政权——大和政权开始建立。大和政权不仅是政治上统一了全国，还将全国各地的豪族的神宝收上来，将各氏族的祭祀权也纳入了朝廷的管理中，从此天皇的神位超越了各氏族的祖先，成为各氏族必须祭拜的最高神。到了日本的飞鸟时代，日本摄政的圣德太子将中国儒家的等级制度引进日本，以此加强王权。他制定了“宪法十七条”，将儒家的君君臣臣、父父子子的等级观念带到日本，规定了人与人之间的名分和等级，建立了以王权为中心的社会秩序，确定了天皇在日本的唯一性和最高性。数年之后，日本的孝德天皇建立了“太政官制”，并颁布了《近江令》，将天皇制用法律加以固定。从这之后，天皇在日本不断神化，天皇成为神人合一的至高无上者。
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古代日本是一个祭政一致的国家，祭神灵是比政务更为重要的事情。日本的国家祭祀分成大、中、小三等，由原始神道发展出来的“神道教”也渐渐具备了国家意志，成为具备意识形态的宗教实体。特别是自佛教传入日本后，两者相互融合，神道教借助佛教的一些经义，充实和完善了自己的一些不足，将天照大神设置为大日如来的化身，造成了日本社会的“神佛同一”，并使得这种思想占据了日本社会的主流。从孝德天皇到桓武天皇统治的一百多年中，日本天皇利用对神道教的控制，使天皇的权力达到了顶峰。日本的神道教在发展的过程中，也逐渐形成了两个派别，也就是伊势神道和吉田神道。伊势神道是由度会行忠和度会家行等人提出来的、希望恢复古代日本神宫地位的派别，他们提出“天皇是承袭宇宙原始神之正统的唯一存在”，但是要求天皇要满足现实政治，要达到君主的道德责任；而吉田神道是由京都吉田神社的祠官吉田兼俱创立，批评神道教依附佛教并用佛教的理论来解释神道教义，主张宇宙的根本神是“太元尊神”，是万物的本体；神不是佛的化身，而是佛为神的化身。在镰仓、室町幕府时代，日本的实权被幕府所掌握，但天皇仍然是日本宗教的核心权威，幕府虽然掌握兵权，但他们的统治的合法性需要借助天皇的权威，幕府将军的任命都需要经过天皇形式上的诏令颁布。天皇因为其在宗教的地位，成为幕府将军们不敢废除的一个象征，也使得日本的天皇形成了“万世一系”的现状。这是天皇与神道教相互作用的结果，天皇因宗教而得以保全，宗教也借助天皇得到发展。
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