可以说，司马迁是一个有血有肉有灵魂且敢直言的人，他的这种风格自然不为历代统治者及其御用文人所能容忍。在李陵案中他客观地谈了自己的观点，却遭宫刑之耻。《史记》完稿之后他是《报任安书》发泄了心中的积瘀疑似惨遭腰斩之刑（此说法未定）。完成后的《史记》又遭遇汉武帝封杀。就因什么 “司马迁作景帝本纪，极言其短及武帝过，武帝怒而削去之”，毁弃了其中的《景帝本纪》《武帝本纪》。可以想象司马迁刚毅的品格是多么的不受汉武帝待见。
陕西韩城是司马迁的老家，当地人为了逃避汉统治者的灭族之灾，不得不改换姓氏。其中的一半人是在“司”的左边加一竖，姓“同”，另一半在“马”的左边加两点，姓“冯”。目前这个村里还立着一块“同冯不婚”的石碑。据王国维考证，司马迁和汉武帝死于同年。极可能是汉武帝病危时，信巫师邪说给处死的。
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史料说司马迁的遇难之前，再三叮嘱女儿司马英一定要将《史记》初稿带走藏妥、选择时机，让其流传百世。司马英的老公名杨敞，他的老家在华阴县，其实就在西岳的华山脚下。刚开始，她们二人就把《史记》带回杨府。但司马英觉得，放在杨府的家中仍不安全，一旦被官兵搜走将会付之一炬。因此又将《史记》送至杨敞老家珍藏。这也就是后来《史记.太史公自序》中说“藏之名山”之所指。
其实，司马迁生前就一直提防《史记》被刘汉皇家销毁的可能，他在《报任安书》里说道《史记》写完之后“要藏之名山，传之其人，通邑大都”的。他本人清楚《史记》内容的批判性、对素民启迪性。一定不为统治者所接受，就决定先藏在深山里，找不到也就烧不了。然后在大都邑里进行逐渐传播，一旦传播开来，再禁就没那么容易了。这就是最初的计划。
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在汉昭帝时，女婿杨敞曾两次官至宰相。杨敞和司马英有两个儿子，大的叫杨忠小的叫杨恽。杨恽聪明好学，司马迁的女儿开始就把《史记》读给儿子听。后来，杨恽自己一字字地读了一遍，成年之后又读多遍。每读都热泪盈眶、感慨颇深。至汉宣帝时杨恽被封平通侯，当时社会还算清明一些。杨恽觉得该让这部伟大的著作见天日了，于是就上奏汉宣帝争其批准。自此之后，这本书也成为天下历史虫和文艺青年的宝书。可以说司马迁的外孙杨恽对《史记》的快速传播起了很大的作用。
后来，在仕途中摸爬滚打多年的杨恽对于当时朝廷中的盛行的贪赃枉法，是嗤之以鼻。他嫉恶如仇、正气凛然的品性与他外祖父司马迁一样。例如西汉名将霍去病的儿子霍光谋反一事就是杨恽揭发的，而霍光还与他父亲杨敞私下关系甚密。
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再后来杨恽与太仆“戴长乐失和”，被戴长乐检举："以主上为戏(拿皇帝开玩笑)，语近悖逆"而打入大牢，后来虽又释放，却被贬为庶人。
自此，杨恽无官一身轻，每日宴请宾客逍遥自在。这时杨恽的朋友安定郡太守孙会宗给杨恽写信说：君应闭门思过，不宜饮酒作乐。杨恽就给孙会中写了封回信，就是那篇《报孙会宗书》。信中有对自己桀骜不驯行为的辩解，有对朋友的挖苦，也免不了对当朝天子的讥讽。整篇可谓锋芒毕露。这，又和他姥爷司马迁的《报任安书》的做派如出一辙，绝无两样。
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后来适逢日食，就有人落井下石了，说应该是因杨恽桀骜不驯的行为而致。他再次被打入大牢。同时又在他家搜出了那封《报孙会宗书》信，宣帝看后鼻子直接气歪了，以大逆不道论罪，判腰斩，行刑于闹市。
此后妻子和儿女流放至酒泉。
同时，朋友孙会宗也被罢官。
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