万象更新|哈佛大学刘如谦团队揭示影响碱基编辑结果的决定因素
作者丨小柯
文章图片
美国哈佛大学刘如谦（DavidR.Liu）课题组利用靶标文库分析与机器学习发现影响碱基编辑结果的决定因素 。
相关论文于2020年6月12日在线发表在《细胞》杂志 。
研究人员在哺乳动物细胞中38,538个基因组整合靶标上表征了11个胞嘧啶和腺嘌呤碱基编辑器（CBE和ABE）的序列与活性关系 ， 并使用所得结果来训练了BE-Hive ， 这是一种机器学习模型 ， 可以准确地预测碱基编辑基因型结果（R≈0.9）和效率（R≈0.7） 。
文章图片
研究人员以≥90％的准确度纠正了3388个与疾病相关的SNV ， 其中包括675个等位基因 ， 其旁观者核苷酸被BE-Hive正确预测 ， 且无法编辑 。
研究人员发现了以前无法预测的C-to-G或C-to-A编辑的决定因素 ， 并利用这些发现以≥90％的准确性纠正了174个病原性SNV的编码序列 。
最后 ， 研究人员利用BE-Hive的见解来设计了新颖的CBE变体 ， 以调节编辑结果 。
这些发现启发了碱基编辑 ， 实现了以前难以处理的靶标编辑 ， 并提供了具有增强编辑功能的新碱基编辑器 。
据悉 ， 尽管碱基编辑器被广泛用于目标位点突变 ， 但是决定碱基编辑结果的因素尚不十分清楚 。
相关论文：
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30632-2
小柯报道：
【万象更新|哈佛大学刘如谦团队揭示影响碱基编辑结果的决定因素】http://news.sciencenet.cn/htmlpaper/2020/6/202061613183091757026.shtm
推荐阅读
- 万象更新|不停的买，家里放不下了，有“感同身受”的花友吗，喜欢养多肉
- 上观新闻|美国走上英国老路了吗？
- 万象更新|如何快速缓苗不死掉？小小“塑料袋”解决大难题，三角梅换完盆
- 历史长河水|大学士对他佩服不已，慈禧很欣赏她，隆裕皇后沉默寡言却很有学识
- 万象更新|有些人明明知道，却不敢去享用，飞机上有2项服务是免费的
- 洛水河畔雁门关|用黄金给猫打造棺材，请大学士为猫写祭文，爱猫如命的皇帝
- 万象更新|腊梅可以水培生根吗
- 万象更新|该怎么抓拍瞬间？，摄影：对于运动题材
- 大学校园说|为何不写月薪9000？看完这篇就懂了，一些工地招工300一天
- 万象更新|怎么培养绿苔