基因研究显示，美国才是新冠病毒的发源地
随着疫情的蔓延 ， 全球许多国家都遭受了前所未有的危机 ， 在应对危机的同时 ， 针对新冠病毒源头的追踪也是热门话题 ， 之前在资料相当有限的条件下 ， 中科院西双版纳热带植物研究所提交了名为《版纳植物园基于全基因组数据解析新型冠状病毒的演化和传播》的论文 。 以下是论文部分摘录以及配图：“……GISAID 数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止2月12日） ， 通过全基因组数据解析 ， 追溯传染源及扩散路径 。 研究发现 ， 收到的93个样本包含58种单倍型 ， 可以归纳为五组（图1） ， 包括3个古老超级传播者单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）；华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来 ， 在市场中发生快速传播蔓延到市场之外；同时 ， 现扩散的病例至少来自于3个途经 。 新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张（分别是12月8日和1月6日） 。华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入的基于120个变异位点得到58种单倍型（基因类型） ， 单倍型演化关系显示 ， 单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型 ， 通过一个中间载体（mv1 ， 可能是一个祖先单倍型 ， 可能是来自中间宿主或者“零号病人”）与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联 ， 并通过单倍型H3衍生出了单倍型H1 。 与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生的单倍型H2 ， H8-H12（图1,A） ， 而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关 。 可见 ， 华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来 ， 在市场中发生快速传播蔓延到市场之外 。 另外 ， 根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断 ， 也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论 。对“古老的”单倍型H13和H38的病毒样品溯源发现分别是来自深圳的病患（广东首例）和美国华盛顿州的病患（美国首例） 。 他们的旅行记录表明应该都是2019年12月底至2020年1月初在武汉探亲期间被感染的 。 现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型 ， 可能是因为现有样品主要采自几家定点医院 ， 而且样品采集时间局限于2019年12月24日和2020年1月5日 。 如果能在武汉其他医院早期的病患检测到这两种单倍型 ， 将对于寻找病毒来源非常有帮助 。 ”
文中提到H38和H13是两个比较古老的单倍型样本 ， 其中图例还显示 ， H38是最接近“动物宿主”的 ， 不过当时的样本非常有限 ， 并不能支持对病毒源头的判断 ， 然而现在GISAID数据库已经收集了全球上万个新冠病毒的基因样本了 ， 条件已今非昔比 ， 从大量样本的基因排序中 ， 我们已经可以寻觅到病毒源头的方向了 。追踪病毒源头的思路非常简单 ， 现在GISAID数据库收集的上万个新冠病毒基因样本被按照基因族谱的发育树形态排列出来 ， 已经分为几个主要的簇 ， 在每个簇内基因样本都以亲缘关系为线索相连接 ， 形成了树形的结构图 ， 只要找到H 13和H38的具体位置 ， 我们就能知道究竟哪个簇的祖上是比较古老且最接近动物宿主的 ， 那么这个簇就有重大嫌疑 。以下是新冠病毒全球族谱中几个大簇的分布情况：
目前 ， 世界范围内新冠病毒主要有五大分支 ， 在图中分别标注为“欧洲主簇”、“全球簇1”、“全球簇2”、“环太簇”、“武汉簇” ， 这几大簇是并列关系 ， “武汉簇”是其中单独的一支 ， 且几乎都是中国样本 ， 少有其他国家的 ， 这个现象说明 ， 武汉爆发的新冠病毒对世界各地的影响极为有限 ， 而这样的结果 ， 一定程度上得益于“武汉封城”这种严厉的防控措施 。在基因发育树上 ， H13和H38都位于“环太簇”里面 ， 它们跟“武汉簇”没有什么直接关系 ， H13是紫色样本 ， 国籍中国 ， H38是红色样本 ， 国籍美国 ， 具体位置在树枝状的图中还要明显一些：
从位置关系来看 ， “环太簇”和“武汉簇”的关系是相对独立的 ， 而H13和H38又都在“环太簇”上 ， 所以“环太簇”应该比“武汉簇” ， 以及其他各簇 ， 都更接近于动物宿主：
“武汉簇”之所以相对独立 ， 是因为病毒在武汉发生了变异 ， 即产生了新的 ， 更适合武汉本地人群免疫系统的突变 ， 所以“武汉簇”其实是一支非常新的家族 ， 又由于这个家族的病毒是为适应中国人群的免疫系统而变异的 ， 因此它对外国人群的适应能力就有所下降了 ， 这也是“武汉簇”对境外影响很小的原因之一 。关于这一点 ， 剑桥大学福斯特博士的论文里有相关内容：
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