钟南山为什么说病毒源头不一定在中国？
钟南山院士曾说：“疫情首先出现在中国 ， 不一定发源在中国”我们就来解读一下这个说法 。其实这个看法很早就有了 ， 就是：病毒宿主很大可能是非中国拥有的马来穿山甲 ， 也就是钟院士提到的发源问题 。基本上三杀：First blood纯粹生信分析发现马来穿山甲最有可能 ， 接下来分别从广东海关和广西海关抓到的穿山甲身上检测到了冠状病毒 ， 其核心区域和2019ncov非常相似 ， 而中华穿山甲却不感染可以说是double kill和triple kill！真是非我华夏产 ， 其身可带毒啊！还是要声明：这依然是一种可能性 ， 除非我们真的找到了那只和人类病毒基本一样的动物身上病毒 。First blood——1个月前 ， 首篇分析：病毒可能来自马来穿山甲这是我1个月前写的一个草稿 ， 但是我胆子太小 ， 所以就没敢发出来 。当时这个草稿是想法是来自这篇文章nCoV-2019 Spike Protein Receptor Binding Domain Shares High Amino Acid Identity With a Coronavirus Recovered from a Pangolin Viral Metagenomic Datasetvirological.org在文章中 ， 作作者比较石正丽研究员的文章时候发现 ， 尽管这次病毒和蝙蝠相似度极高 ， 高达96%。 但是 ， spike病毒这个关键的东西结构域（S1 Receptor Binding Domain (RBD)）却明显的不一样 ， 尤其是在第350-530氨基酸序列 ， 相似度仅有91% 。作者怀着怀疑 ， 决定去寻找一个更加接近的中间宿主 。 办法当然是生物信息学了 ， 他们把这次新型冠状病毒的序列丢到公共数据库上进行寻找 ， 结果意外发现 ， 这段序列 ， 竟然和穿山甲的病毒库最像 ， 高达97%的相似度 ， 远超过和蝙蝠91%的相似度 。
因此 ， 作者认为 ， 马来穿山甲很有可能是宿主 。当然 ， 这篇文章被淹没在了互联网中 ， 毕竟是专业分析 ， 大部分人看不懂 ， 像我这种看懂了又不敢发~Doublekill—华南农大发表文章 ， 论证了广东海关抓到的穿山甲身上有冠状病毒2月7日 ， 华南农业大学的沈永义团队开了个发布会 ， 会议上介绍攻关团队通过分析1000多份宏基因组样品 ， 锁定穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主；继而通过分子生物学检测 ， 揭示#穿山甲#中β冠状病毒的阳性率为70%；进一步对病毒进行分离鉴定 ， 电镜下观察到典型的冠状病毒颗粒结构；最后通过对病毒的基因组分析 ， 发现分离的病毒株与目前感染人的毒株序列相似度高达99% 。前两天 ， 他们的文章也出现在预印本上了 ， 研究使用了2019年3月-12月被广东省海关和林业部门没收的29只死亡穿山甲的组织标本 ， 其中4只中国穿山甲和25只马来穿山甲[2] 。结果是 ， 马来穿山甲全有病毒 ， 但是中华穿山甲都没有 ， 而且关键是 ， 核心区域相似度老高了 ， 如下图所示（反正你也不看 ， 我凑个数）
Triplekill—管轶发表文章 ， 论证了广西海关抓到的穿山甲身上有冠状病毒——————管轶是大家非常熟悉的人了 ， 如今更是有了一丝神秘色彩 。2月18日 ， 预印本网站bioRxiv发表论文“中国南方马来穿山甲2019-nCoV相关冠状病毒的鉴定”[3]他们从走私的穿山甲中进行检测 ， 发现了2019-nCoV相关冠状病毒 。 穿山甲身上携带的冠状病毒属于2019-nCoV相关冠状病毒的两个亚型 ， 其中一个的受体结合域（RBD）与2019-nCoV非常接近 ， 达 97.4% ， 比蝙蝠的RaTG13还高 。
这些图你们也别看了 ， 凑数用的反正到目前为止 ，没发现比马来穿山甲相似度更高的了 。 而马来穿山甲 ， 不是中国本土的！下图黄色区域是马来穿山甲的生活地方 ， 他们被走私后进入了中国 ， 最后到了武汉 。
但是 ， 这里有个问题难以解释 ， 就是 ， 为什么沿途没有爆发 ， 到了武汉爆发了呢？而从这个病毒的序列和武汉病毒的一些差别来看 ， 极有可能是 ， 它们在武汉那个地方发生了变异 。 这也是为什么我们看到武汉病毒扩散的时候有个mv1[4]
关于病毒发生重组的事情我有点搞混了 ， 请大家见谅 。 这里放上病毒学大佬@Vigorous Cooler的一张图 ， 这个图我觉得是概括的非常完美的一个分析 。顺便 ， 穿山甲是哺乳动物！
参考文献就不放了吧2 KP Xiao Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins. 20203 Tommy TY Lam Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China. 20204 WB Yu et al.Decoding the evolution and transmissions of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) using whole genomic data
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