浅川和行在第二部也死亡了，在调查过程中，发现浅川和行将视频内容编辑成了文字资料 ， 这个举动是出于自我意识，还是被病毒控制的意识？浅川的哥哥又不知不觉中要将文字资料出版 。“病毒的特征就是繁殖，咒文就是复制再复制 。”安藤继续调查线索 ， 期间穿插他和高山学生时代解密文字游戏的事情，结合对病毒碱基序列的解码，最终推理出了一个英文单词“MUTATION”，中文意思是“突变” 。这是高山留下的暗示吗？还是病毒留给人类的暗示或挑衅？
另一方面，在整理高山的遗物过程中，高舞野也看了录像带，一种令人无法抗拒的魔力指引高舞野看完录像带，随后一阵恶心，瘫软 ， 意识变得模糊......高舞野失踪了 。安藤来到高舞野的公寓寻找线索 ， 公寓里没有人，安藤却感觉背后有人似的 。调查过程中，安藤再次来到高舞野的公寓 。还是没能见到高野舞本人，但是却遇见了另一个人，一个全身透露着诡异的女人 ， 让人感到不舒服 。虽然那女子确确实实拥有躯体，但是对安藤而言，她的震撼远超幽灵 。
继续调查的过程中，通过安藤和宫下的对话：
旧的录像带产出了突变，产生了新的种类，说不定还藏在某处，形态和以前大不相同 。高野舞的尸体找到了，在大楼的屋顶上，离奇的死亡 ， 但死亡原因却不是之前安藤推断的冠状动脉闭塞引起的心肌梗塞，而是跌落屋顶排气沟底后，活活饿死了 。另外尸检结果显示，高野舞怀孕并生产了 。但是距离上次见到高野舞至今也就二十几天 ， 在解剖高山龙司尸体时，高野舞还在经期 ， 怎么可能一个月内就生下小孩？再说孕妇是如何去楼顶那个地方，翻越隔离栏跌入排气沟的，种种谜团不可解释 。
调查继续进行着，通过显微镜观察，发现高野舞和浅川和行的病毒与其他死者的不同，高野舞体内的病毒与浅川和行的也不完全相同 。高野舞体内的病毒没有攻击冠状动脉，而是攻击了她的卵细胞 。浅川呢？虽然看过录像带后没有在一周后死亡，但是还是死了 ， 那么病毒又攻击了浅川的哪里？
安藤与那名神秘的女子再次见面后，被告知是高野舞的姐姐真砂子，她们约会了 。又去电影院，电影放映时，真砂子嘴里在念念有词 。后来才知道 ， 真砂子是将自己的意念附加于电影，然后再传染给人类 。真砂子还要求安藤陪她去书店 。从书店拿出来的小册子上，竟然有《铃》，这是浅川和行的哥哥准备把弟弟整理的录像带的文字内容出版，多么可怕的后果，文字内容如同视频一样，可以传播病毒 。与此同时，宫下在调查的过程中，将获取到的山村贞子的照片发送给安藤 。当看到照片的一刹那，安藤全身无力，大脑一片空白 。他竟然和二十五年前已经死亡的人发生了关系，照片上的人就是真砂子 。安藤近乎崩溃的离开了公寓 。
病毒在高野舞的排卵期攻击了高野舞，利用人类的基因重组了山村贞子的遗传因子，借腹复活 。一切貌似都解释清楚了，二十五年前，山村贞子在被天花患者长尾城太郎……时 ， 用意念和天花病毒达成合作，录制录像带，以期复活 。新型病毒似乎是有意识的，可以选择性攻击人类，目前发现有三种形式，一种攻击冠状动脉，造成冠状动脉闭塞；一种攻击大脑 ， 控制人的意志，浅川和行被攻击大脑后，开始将录像带的视频编辑成文字资料；一种攻击生殖器官，用于复活，高野舞被攻击宫子后 ， 生下了山村贞子 。
安藤和宫下重返公寓，山村贞子已离开，留下了笔记本留言，留言内容基本证实了他们的调查猜测 。山村贞子利用高野舞的身体复活，这个过程被形容成蝴蝶破茧而出 ， 高野舞是那个茧 。山村贞子的复活，不仅保留了以往的记忆，还让她拥有了完美的……器官，自己便可以进行……繁殖！这还是人类吗？山村贞子已经进化成了一个新的物种 。山村贞子要安藤协助她，进行《铃》的出版 。贞子答应如果安藤就范，就帮助安藤复活他死去的儿子孝则，如果不同意，贞子就令安藤体内的病毒发作 。
第二部的结尾，安藤答应帮助贞子 。交换的结果是利用DNA技术，生成受精卵，植入贞子，复活了他的儿子孝则 。高山龙司也用同样的方法复活了 。《铃》出版了百万册，马上还要拍摄电影，电影的主演是山村贞子本人 。病毒可以侵入任何媒体介质 ， 越来越多的人将被感染 。病毒在不停的变种，越来越多新的山村贞子在繁殖 。新变种的出现，将失去物种的多样性，没有了差异，没有了美与丑差别 ， 没有了我和你的差别，这将超越生与死的观念，你中有我 ， 我中有你 。但是如果新变种包含有缺陷，那么所有的新变种都会继承这个缺陷 。这将是一种灾难 。这是一个令人深思的问题 。
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