因受李申吾与钱衍石的影响，沈曾植做学问向来注重经世致用。时值清末变法，整个社会体制与思想风气都发生了重大的变化。当时的“新学”与“旧学”之争是非常激烈的，一些先进人士纷纷向西方寻找真理，其代表人物便是康有为。沈曾植与康有为交往密切，曾为其发动公车上书出谋划策，但在行动、性格上又颇多不合，两人始终是若即若离的关系。沈曾植在思想上比较务实，又兼有儒家学者的风范，主张循序渐进，反对狂飙式的社会变革。值得一提的是沈曾植在1878年结交广东名宿陈澧，1898年入张之洞幕府，执掌武昌两湖书院，这两份经历对他一生祟尚“中学为体、西学为用”的思想起到了潜移默化的作用。张之洞推行洋务运动，善用权术和智慧作折衷新旧之论，沈曾植非常拥护。张对沈亦甚为器重，称沈为“凤麟”，有“平原宾从儒流少，今日天骄识凤麟”句。沈氏曾力陈假英款造铁路，劝翁同和开学堂讲新学，主张开设银行，开矿挖煤，派遣留学生，办造枪炮厂等等，无不赞成新政的。事实上，他的这些设想在晚清接二连三的政治活动中，影响力是很小的。沈曾植以忧世的心情做学问，终究不济世用。王蘧常先生在《沈寐叟年谱》中称其晚年：“日惟万卷埋身，不逾户阈，及闻国事，又未尝不废书叹息，欹觑不能自己。”一代硕儒那悲惨的身影跃然纸上。
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在仕途上，光绪六年成进士，供职刑部十八年，先任贵州司主事，进为员外郎，后转江苏司郎中。迁任总理衙门章京，外简江西广信知府。由于柯逢时赏识，调任南昌府知府。后攫为安徽提学使、布政使，并护理巡抚。最显赫的是张勋复辟时，任学部尚书，但没几天，复辟失败了。总之，沈曾植虽硕学鸿才，而察吏理财，运用权术，非其所长也。或许是性格使然，或是清朝统治走向衰亡的征兆。
不过，在沈曾植任官经历中，有几件事是极其辉煌的：一是1895年，与康有为、陈炽、丁立钩、王鹏运、袁世凯、文廷式，张孝谦、徐世昌、张权、杨锐及其始沈曾桐在北京开强学会，开风气之先；二是1900年，因义和团起义闹事，沈曾植与刘坤一、盛宜怀、张之洞、李鸿章等人密商保护长江之计，所谓“东南互保”也。这其中，沈曾植出力甚多：三是1901年，出任上海南洋公学(今上海交通大学)监督，兴办教育：四是1906年，东渡日本考察学务及文物制度，接触了许多新思想；五是1907年，在安徽设存古学堂，借鉴外国大学高等教育制度，实行“有研究而无课本，有指授而无讲解”的教学方法。他曾与杨仁山创佛学研究会，与欧阳渐创设支那内学院。凡此诸事，均反映了沈曾植的智慧与才能，也因此而奠定了前清遗老中大先辈的地位，人称他为“旧时代旧人物之鲁殿灵光”，一点也不为过。
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沈曾植《临魏碑楷书屏》 纸本 147×40cm×2 西泠印社藏
辛亥革命后，隐居上海，与诸遗老成立超社，以吟詠书画、校藏图书遣日。相与交往者，多是性情相投的朋友，如郑孝胥、姚文藻、张尔田、孙德谦、王国维、罗振玉、陈宝琛、劳乃宣、梁鼎芬、缪荃孙、刘琛廷、李瑞清、陈衍、汪容甫、吴庆纸、朱祖谋、刘承干、陈夔龙、吴昌硕、李审言、王秉恩、王乃微、张元济等等，其中有许多人是张勋复辟时宗社党的成员，笃于故主，始终不渝。
综观沈曾植的一生，学术与政治紧密地联系在一起。他有心政治上施展抱负，却未遂愿，反而成就了在晚清学术上的领袖地位。其门生谢凤孙在《学部尚书沈公墓志铭》中认为是“砭古箴今，轶前启后”。连日本的西本白川、内藤湖南，法国的伯希和都非常推祟。就具体而言，除了上述史学与舆地方面外，还有佛学、经学、考据、道藏、诗学等方面的成就。佛学方面如说佛大先即是佛陀斯那；如谓小乘极深研几，影响大乘；如说“象山从宇宙两字悟道，所悟之道为太极，极似华严法界观，终不肯说物字，由今日言之，可谓之为儒家之唯心论”。经学方面如言儒家重耻辱之义；考证方面如说《韩奕》诗“其追其貊”之“追”，用追、狄音和，翟、狄通用，翟从佳声，佳、追同部，证明“造”即是“翟”。道藏方面如考订五斗米道的来源，《太平经》的源流。诗学方面，他被推为“同光体”的代表人物，主张学诗要通元嘉、元和、元桔三关。等等。(注：有关这方面，钱什联先生在《梦苕盒论集》中有过详细的论述，此不赘述。)成果丰硕，识见宏通，著作等身，在清季实难其匹。
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