在佛教的催化之下，中国本土道教在宋朝金朝时期，逐渐产生了全真教和正以教，宋朝是正一教，金朝是全真道，也算是南北对峙之下的别样景观，因为元朝的统一，这种分界也没有了。
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在成吉思汗西征的时候，全真派丘处机曾经受邀前往军营宣扬道法，实际上是成吉思汗听说丘处机是神仙，想跟他我跟他学习长生不老的办法，但是邱书记到了军营之后，劝成吉思汗不要乱杀人，也不要随便乱发脾气，这样就可以保证益寿延年。
丘处机成功劝成吉思汗仁慈，成吉思汗和后来的继承者都对丘处机非常尊敬，也对全真道非常宽容，甚至委任丘处机为总管天下道门的国师，身份地位十分尊崇。
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丘处机呢，是王重阳的徒弟，在射雕英雄传中是一个非常牛气的人物，并非金庸杜撰，而是史上实有其人，比小说中更加的牛，他在拜入王重阳门下之后，开车道教龙门派，后来金国皇帝、宋朝皇帝和蒙古皇帝都对他礼敬有加，但是丘处机冷静的归附蒙古人。
【 三教|丘处机的开创的龙门派，为何明朝之后提倡三教合一？】
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这一次行动，给全真道换来百年发展机遇，后来蒙古人纵览天下，道教尊崇一时，而丘处机的龙门派也成了道教的显赫派别，在元朝时候盛极一时，势力非常庞大。虽然后期佛教后来居上，但是瘦死的骆驼比马大，一直受到皇室的优待。
进入明朝之后，虽然朝廷不在格外优待，而发迹于南方的明朝对正一道有格外的情感，北方的全真道于是逐渐衰落，不复往日的风采，幸好有最大支系龙门派支撑才不至于灭亡。
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由于明朝对理学的加持，朱元璋主张以儒家为主，官方面前佛道两家都很脆弱，但是在民间，千百年浸润下，基础非常雄厚，而且对释儒道的区分不是很多，早就融合一体。
元朝末年，因为佛教泛滥，明朝开始对此有了纠正，而尊儒之下也更加奠定了儒家的正统地位，在这样朝廷推崇儒家，抑制佛教的情况下，道教虽然衰弱，但是依然有足够的生命力。
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所以在这样的背景之下，由民间的融合趋势推动上层职业宗教人士的主动融合，于是道家龙门派提出了三教合一的思想，歪史认为，他们提出的背景主要是在失去朝廷支持，甚至刻意打压的情况下，各宗教势力不得不变换思路。
三教合一则是可以完全互相融合，互相扶持，这也是延续道教命脉的一种策略。毕竟衰落的宗教在八股文之下，存活受到影响，活着才是硬道理。
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另外，也不排除龙门派核心人物也确实对三教合一有不一样的认识，那就是认为三教核心一样，或者终极结果是一致的，不过是表现形式、修炼途径不一样，但是终究殊途同归。于是提出了三教合一的主张，互通有无。
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