菩提祖师的真实身份，一直让人津津乐道。按说，原著中描写得很清楚，菩提祖师乃是道教大神，但细心的读者却发现一个蹊跷，如果菩提祖师是道教大神，为何取名号为菩提？菩提可是佛教名词。
因此，有人认为菩提祖师的身份并非道教大神，而是佛教高人假扮。而这位佛教高人，正是如来佛祖。至于如来为何假扮菩提祖师，其目的是传授孙悟空本领，诱使他大闹天宫，从而为自己一脚踏入天庭纠纷制造机会。
关于以上观点，网友们拿出三条证据：
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其一，菩提祖师给孙悟空取名悟空，观音菩萨分别给猪八戒、沙僧取经悟能、悟净，这是否太过巧合？除非菩提祖师就是如来。
其一，孙悟空下山时，菩提祖师为何不让孙悟空说出自己的名字？目的就是隐藏行踪，防止被天庭知晓。
其二，菩提祖师明知孙悟空“定生不良”，为何不留他在洞中？正是因为如果孙悟空不大闹天宫，如来便没有插手天庭纠纷的机会。
其实，网友的这三条“证据”（三个疑点），在原著中都能够找到合理的解释。
第一条证据：观音菩萨为何给猪八戒沙僧取名悟能悟净，这是因为，菩提祖师先给孙悟空取名悟空，为了打造和睦的师兄弟关系，观音菩萨于是借用孙悟空的“悟”字给猪八戒和沙僧取名。
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第二条证据：菩提祖师为人低调，隐居灵台方寸山便是最好的证明，他当然不愿意孙悟空打着他的旗号四处闯祸，这是很合情合理的心理行为。
第三条证据：菩提祖师明知孙悟空定生不良，为何不把他留在洞中？如果菩提祖师把孙悟空留在洞中，你让吴承恩先生还怎么写下去？况且，菩提祖师既然反感孙悟空炫耀法术，将他赶走也很合情合理。
其实，关于菩提祖师是如来佛祖，《西游记》原著中并未有任何曲笔，更没有直接描写。反倒是菩提祖师不是如来佛祖这一观点，可以在原著中找到证据。早在孙悟空大闹天宫时，这个谜底便已揭晓。
当此之时，玉帝宣如来镇压孙悟空，如来见到孙悟空后，是如何说的？他说了18个字：“今闻你猖狂村野，屡反天宫，不知是何方生长？”
试想，倘若如来是菩提祖师，他对孙悟空的情况应当了然于胸，又岂会不知孙悟空何方生长？
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也许有人会说，万一如来明知故问，以此撇清他与孙悟空的关系呢？要知道，如来是佛教掌门人，佛教戒律严禁打诳语，如来作为佛祖，当然不必拘泥于戒律，但他大可回避孙悟空身世的问题，又何必说谎？除非他确实不知道孙悟空的身世。
因此，菩提祖师绝不可能是如来佛祖。按《西游记》原著的设定，菩提祖师这个人物，不过是吴承恩先生为迎合当时三教合一的思潮创作。所谓三教合一，即道教、佛教和儒教三教的融合并存。
【 大闹天宫|大闹天宫时，如来对孙悟空说了18个字，揭开了菩提的真实身份】菩提祖师是道教的形象，佛教的名号，其为人处世——传道授徒，布施百姓，正是儒教兼济天下的表现。可以说，菩提祖师是《西游记》中一位浸染了佛教和儒教思想的道教大神，有别于传统的道教神仙，所以独居一方，不与天庭集团来往。
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