《科学》：纽约新冠病毒主要由欧洲和美洲引入( 二 )
图2进化枝A2a内的大多数纽约分离株都呈分散分布 ， 未观察到按国家或地理区域分组的情况 。 尽管起源各异 ， 但该进化枝中的许多序列非常相似或相同 ， 这使得在没有其他流行病学数据的情况下无法解决病例之间的直接关系或方向性 。 接下来 ， 研究者使用ML和贝叶斯系统动力学分析来推断与纽约市相关的新冠传播事件的时间 。对于进化枝A2a ， 他们估计了从1月下旬到2月中旬的一段未被追踪的全球传播时期 ， 与流行病发展的流行病学观察结果一致（表1 ， 节点2） 。A2a进化枝底部的最早序列包括从2月下旬开始来自意大利 ， 芬兰 ， 西班牙 ， 法国 ， 英国和其他欧洲国家的分离株 ， 以及从3月第一周开始的一些北美分离株（加拿大和美国） 。 在这一进化枝中 ， 研究者鉴定出了两个突变 ， 以区别于纽约市和其他地区的序列簇 ， 这表明可能至少有两个独立的病毒引入发生在2月初至2月中旬（表1 ， 节点3至4） 。值得注意的是 ， 这两个簇之一包含位于进化枝A2a中的72个纽约市分离毒株中的64个 ， 提示社区扩散的发生 。与进化枝A2a中情况相似 ， 进化枝A1a中的SARS-CoV-2分离株（6％）散布在方向性未知的多个区域中（图2A ， 节点1） 。 该进化枝也主要由欧洲来源的分离株组成（82％） ， 详见图2B 。对于其余的进化枝（B ， B1和B4） ， 研究者鉴别在2月至3月初推断被引入纽约的4种SARS-CoV-2毒株（表1 ， 节点7至10） 。 值得注意的是 ， 其中两个引入毒株根据其与美国其他分离株的密切关系 ， 可以推断为来自于美国国内 ， 其中就包括在华盛顿州引发主要社区传播的分离株（进化枝B1 ， 节点9） 。 最近有报道称 ， 该进化枝上的毒株被引入了美国东海岸（纽约位于东海岸） 。 尽管进化枝B中一半以上的序列是亚洲起源的（图2B） ， 但与纽约分离株最接近的亲戚是欧洲和北美起源的 。
表1前述测序分离株和进化枝在地理空间上 ， 分布在纽约市所有的行政区和21个社区中（图3） 。 这与纽约其他医院中的测序分离株和进化枝时空分布相似 。
图3综上所述 ， 研究结果表明 ， 纽约的SARS-CoV-2流行病主要来自美国和欧洲之间的无追踪传播 ， 该病原是从中国直接引入的证据非常有限 。尽管在2020年4月上旬可用的SARS-CoV-2基因序列数量相对较少 ， 但该研究还是发现了位于进化枝A2a内的两个单系病毒簇 ， 它们几乎完全包含来自纽约的分离株（图2B） 。 一簇包括进化枝A2a中23％（17个）的分离株和总测序分离株的20％ 。 根据邮政编码信息 ， 该集群的病例分布在五个县 ， 包括一个来自韦斯特切斯特县新罗谢尔的样本 ， 该样本是纽约市以北的大都市区的一部分 ， 并报告了纽约州第一个记录在案的社区获得性感染群 ， 报告时间是2020年3月3日 。 该簇的特征是ORF1b基因中的氨基酸取代A1844V 。 这些病毒簇的基础是来自明尼苏达州、华盛顿州和加利福尼亚州的分离株 。 纽约分离株和美国其他分离株之间的相关性表明 ， 本地传播的病毒可能已经通过国内途径被引入纽约 。第二病毒簇是一个较小的群 ， 其中包含来自曼哈顿的四个分离株和来自皇后区的一个分离株 。 邮编信息可用于曼哈顿的三个病例 ， 这些病例对应三个不同的社区 ， 进一步支持纽约发生了社区传播 。 尽管大多数纽约市病例主要与欧洲的病毒进化枝混杂在一起 ， 但这些结果表明 ， 在纽约市内 ， 国内引进的病毒株也可能是早期社区传播的来源 。值得注意的是 ，CNN在4月连线采访美国顶级疾控专家福奇 ， 他也表示 ， “根据旅行和航班记录发现 ， 纽约新冠病毒源自意大利 ， 而且是意大利北部 。 我对此并不感到意外 。 ”此前《纽约时报》也报道称 ， 最新的基因研究表明 ， 新冠病毒早在2月中旬就开始在纽约地区传播 ， 也就是第一个确诊病例出现之前的几周 ， 主要是来自欧洲的旅行者带来了这种病毒 ， 而不是来自亚洲 。当地时间5月11日 ， 纽约州州长科莫（Andrew Cuomo）在新冠肺炎每日简报时也再度强调 ， “攻击我们的病毒来自欧洲” 。
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