回鹘在漠北时信仰摩尼教，西迁后统治者又接受了高昌盛行的佛教。基督教聂思脱里派、祆教也在百姓中流行。11世纪后，黑汗王朝统治下的可失哈耳（今新疆喀什）等地人民已改信伊斯兰教，并逐渐传到亦都护辖境，蒙哥汗时，穆斯林在社会上已有相当影响。元末察合台后王改信伊斯兰教，其他宗教都被排挤。
【“畏兀儿”一词的由来和历史简单记载】畏兀儿人民由于战乱等原因大批迁到甘肃、陕西等地。南阳、襄阳、乌蒙等地都有畏兀儿军和农民迁驻或从事耕垦。畏兀儿人种植棉花、西瓜、苜蓿、葡萄和酿制烧酒的经验，有的在元朝才传播到内地，有的则在这一时期得到较普遍的推广。参考书目蔡美彪等：《中国通史》第7册，人民出版社，北京，1983。
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