他还阐述了新史学家应该达到的四个境界：“第一个境界就是地质学家丁文江先生告诉他的朋友的话，他说：‘中国境内作现代学术工作，真是遍地黄金，只要有人拣。’”这是讲要尊重本国的学术资源。“第二境界可以说是‘百闻不如一见’，靠别人不如靠自己。”这是讲作为新史学家应该重视从实践中去获取知识。“第三个境界应该是‘宁犯天下之大不韪而不为吾心之所不安’，原始资料遇了这种有勇气的人，庶几乎可以相得相辅了。”“第四个境界，姑称之为‘无用之用是为大用’。”这最后一个似含有为历史学等学术之境遇辩护之意。他最后总结说：“在这一境界中作历史学语言学的工作，可以说和生物学家地质学家的工作情形是同样的。”
李济的思想，最后似乎可以归结为在中国推进科学思想上面。这一点发人深省。他认为中国最迫切的现实问题，“不是中国是否有过科学，而是在中国如何推进科学。”然教育制度之弊端，导致了“我们所要的是科学的成绩，不是科学的本身”，“我们尚没摆脱张之洞的中学为体、西学为用的观念。”这须从中国学术的主流开始检讨。他批评荀子劝学以“礼”作为学的最高峰(“故学至乎礼而止矣”)，认为“以礼为核心，培植出来的中国文化系统，自然涵育了很多人类珍贵的创获，但附丽于这一文化系统所形成的思想习惯，却渐渐地与追求真理的科学思想有点分歧了。”问题的症结，在于旧式教育制度所训练的“对对子”的思维方式，还有人们对待文字的态度。“中国的格物致知之说，始终没有离开书本子很远，可以说由于笃信文以载道的说法所致。”而科学思想之本质，特别显著的一点，就是不迷信文字，因为文字的地位“始终只是工具”。他说：
【 发掘|李济：中国考古学之父】“假如我们要规规矩矩地提倡科学精神，我们应该学禅门的和尚；因为禅门是不打诳语的。科学思想的起点也在此；科学思想里没有世故的说法，也没有官样文章。”
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