抗战结束后，陈垣没能在胜利的喜悦中沉浸多久。国民党为抢夺抗战胜利果实，很快挑起了内战，陈垣对国民党彻底失望了，对他们不再抱任何幻想。1948年底，国民党派飞机接陈垣和一些知名学者南下。不过，陈垣毫不犹豫选择了留在北京。
1949年1月底，北平和平解放。这一年，陈垣七十岁。一个崭新的社会展现在他面前，他如饥似渴地学习新思想，新理论，全身心地投入到新中国的教育和文化事业建设中。1950年10月，辅仁大学由中央人民政府教育部接管。陈垣在与教会代表争夺教育主权的斗争中立场坚定，配合政府，使辅仁大学成为第一所收归国有的教会大学。
1952年，全国高等院校院系调整，辅仁大学与北京师范大学顺利合并，陈垣被任命为北京师范大学的校长，已进入晚年的陈垣挑起了这副重担，为建设中国最好的师范大学竭尽全力。
陈垣一生追求真理，与时俱进。1959年他在80岁高龄时加入了中国共产党。1971年6月21日。陈垣以91岁高龄病逝。陈垣逝世后，后人按照遗嘱，将他珍藏的四万余册图书和几百件文物全部捐赠给国家，稿费4万元交作党费。
如今，辅仁大学旧址是北京师范大学继续教育学院，仍在教育领域发挥重要作用。陈垣在兴华胡同的故居是辅仁大学校友会的办公处，院中竖了一座陈垣先生的雕像。北屋是他的生平陈列，悬挂着他不同时期的照片，供人们观瞻。
【 掌门人|史学大家陈垣曾住在米粮库胡同，与胡适交往颇深，他还是两所大学的掌门人】来源：北京晚报 作者 陈溥
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