这个时期，辅仁大学的一些中青年教师，经常到陈宅看望陈垣，请教学问。前院的南房就是他们会面的地方。时间长了，有些人就戏称他们是“陈门四翰林”或“南书房行走”。这四位中青年教师，后来都成为很有成就的学者，他们是：余逊、柴德赓、启功、周祖谟。
搬入这所院落后，表面上看陈垣的生活安稳平静了，但他的内心并不平静。因为北平已落入日寇的魔爪，祖国已在危难之中。
上世纪20年代他脱离政界，以为从此可以不问政治，专心学术。但严酷的现实，日益加深的民族危机，使他再也不能在政治上保持沉默。在整个北平沦陷期间，他坚决不与敌人合作，不任伪职。敌伪开始想拉拢他，要他担任“东亚文化协会”的会长。这个协会是敌伪的最高文化团体，他坚决拒绝。不仅如此，他还以自己擅长的史学研究为武器，对侵略者、汉奸进行口诛笔伐，强烈的爱国热情促使他将史学研究与社会现实联系起来，发展“有意义之史学”。他撰写了一系列表彰民族气节、抨击日寇汉奸的史学著作。他有意选择了明末清初爱国思想家顾炎武的《日知录》以及全祖望大力表彰明末抗清义士的《鲒埼亭集》作为教材，向学生们介绍爱国思想。
陈垣这一时期的史学著作，发挥了史学的社会作用，激励了敌占区和后方知识分子的抗战热情，他的史学研究也进入了一个新高度，得到了学界的很高评价。语言学家沈兼士赋诗赞曰：“傲骨撑天地，奇文泣鬼神。”
两所大学的掌门人
还在西安门大街居住时，陈垣就是辅仁大学的校长，搬到兴华胡同后，陈垣更是将他的全部精力奉献给了离胡同一步之遥的辅仁大学。
辅仁大学位于定阜街上，它在兴华胡同以北，东西走向。明初大将徐达镇守北平时，府邸就在这条街上。“靖难之役”中徐达三子徐增寿立有战功，朱棣建都北京后，徐增寿被封为“定国公”，承袭了父亲的府邸，因而此街称为定府街，后按谐音改称定阜街。
清代，整条定阜街主要被两大王府占据着，西边是庆亲王府，东边是涛贝勒府。涛贝勒府的府门开在柳荫街27号，这里原是康熙第十五子允嵎居住的愉郡王府。光绪二十八年（1902），醇亲王奕譞的第七子载涛过继给钟郡王奕詥为嗣，承袭贝勒爵，迁居于此府，称涛贝勒府。载涛曾任清禁卫军训练大臣，主持军咨府。民国年间，载涛一直被视为皇族领袖，1949年后他还担任过全国政协委员。
1925年，载涛将贝勒府租给罗马教廷天主教会，作为创办辅仁社（大学预科）的校舍，1927年更名辅仁大学，取《论语》中“以文会友，以友辅仁”之意。
1929年，辅仁大学在涛贝勒府南部的马圈和花园前空地上筹建主楼。陈垣主持扩建工程，他高薪聘请比利时籍的传教士和建筑师格里森担任设计（也有资料记载设计师为美国建筑师墨菲，他曾设计燕京大学）。
格里森应邀到北平之后，并不匆忙设计，而是花了数月时间查寻中国北方古典建筑的原始材料，研究故宫等古建筑的特色。最终，主楼设计为一座中国宫殿式城堡，并以两层楼围合成封闭的院落，东南西北四角各矗起一座三层的角楼，整座建筑中轴线明确，完全对称，体现了中国皇宫的庄重森严的气势。在主楼正立面上，还使用了许多中国古典建筑的细部做法，如汉白玉的须弥座、红色雕花的木制窗框、大门墩柱上蹲伏的石狮等，构成中国宫殿的缩影。
如今，辅仁大学主楼保存十分完好，透过建筑外装有石狮造型的镂空铁栏杆，仍可感受到当年设计的良苦用心和做工的精致。如今许多大型建筑辞书都把辅仁大学主楼列为中国近现代名建筑。
辅仁大学当时与北京大学、清华大学、燕京大学合称“北京四大名校”。日寇侵占北平前后，北京的国立、私立大学纷纷迁往大后方，唯有燕京大学与辅仁大学因教会背景，仍坚持在京办学。1941年底太平洋战争爆发，燕京大学也被迫停办，辅仁大学成为北平唯一一所未被日伪接管的大学。陈垣作为校长，在勉力维持教学的同时，大义凛然，闭门谢客。他坚持“不与敌人合作”、“不任伪职”、“不悬伪旗”的三不原则，始终坚持行政独立、学术自由的原则，使辅仁大学成为日寇统治下北平的“抗日堡垒”。
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