江苏龙网

  1. 首页 > 资讯 > 科技 > >

|2020年最新非肿瘤miRNA干湿结合生信套路和相关数据库全总结


大家好 ， 一直以来都传言肿瘤的生信文章容易发 ， 但对非肿瘤来说就很不友好 。 各位小伙伴们 ， 你们觉得是这样的吗？其实在小编看来 ， 非肿瘤有利有弊 。 弊端是数据集少且无临床数据可扒；利处是我们可以把肿瘤生信文章的套路运用到非肿瘤领域中实现降维打击（嘻嘻 ， 其实就是灌水啦） 。
你们认可吗？如果不服 ， 那小编就拿出证据来证实我的观点 。 今天我要分享的一篇2020年5月发表在 PeerJ 上的纯生信文章 ， IF为2.353 。 小编特意去查了一下期刊 ， 影响因子还在上升 。
|2020年最新非肿瘤miRNA干湿结合生信套路和相关数据库全总结
本文插图

话不多说 。 首先我们来看看题目 The biomarkers of key miRNAs and target genes associated with acute myocardial infarction ， 是一篇急性心肌梗死的文章 ， 非肿瘤确认无疑 。 研究的分子类型是miRNA 。
|2020年最新非肿瘤miRNA干湿结合生信套路和相关数据库全总结
本文插图

拆解题目
老规矩 ， 按照酸菜大大的思路 ， 我们拆解题目 。 题目很规矩 ， 包含两要素 ， 疾病和问题 。 疾病 ， 急性心肌梗死；问题 ， 揭示潜在的分子标志物 。 此外 ， 我们还要关注的是此文的目标分子是miRNA 。
生信文章中 ， 除了基本的功能基因mRNA ， 以miRNA ， lncRNA作为研究类型的生信文章也有很多 ， 与mRNA生信数据挖掘的套路类似 ， 属于花样翻新 。
紧接着 ， 我们可以暂停片刻 ， 想想如果我是作者我会怎么去论证 。 其实也还是那些套路 ， 还是那些配方 。 不过值得我们注意的是这篇文章作者并不是全生信 ， 也做了一些湿实验 。 干湿结合 ， 省去了被reviewer怼没有实验验证的情况 。 纯生信文章总是会落下不做实验怎能发文章的诟病 。 如果干湿结合 ， 会不会也能堵住一些人的嘴呢？（小伙伴们自己思考思考） 。
【|2020年最新非肿瘤miRNA干湿结合生信套路和相关数据库全总结】好的 ， 前面的话说了很多 。 我们开始上正菜 。 这篇文章包含两部分 ， 干实验（Figure1-5;7;Table1-4）和湿实验（Figure6） 。
干实验
Part1 挑
Figure1， 作者选用了GSE24591和GSE31568两个数据集 。 分别做差异表达基因分析 ， 即疾病组vs 正常组 ， 并将结果可视化 。 A图和B图即是可视化结果 。 文章结果采用的是火山图 ， 筛选条件是LogFC绝对值大于1且p值小于0.05 。 C图是A、B两图取交集的结果 ， 共有8个miRNA ， 用韦恩图展示的结果 。 怎么样 ， Figure1不难吧？当然 ， 细心的小伙伴会发现 ， 作者还把这8个miRNA用表列举了出来 ， 即是Table2的结果 。 将挖掘出来的差异基因、关键信息进一步图表化、具体化 ， 也是一种凑数据图表的方式 ， 小伙伴们学到没有？

|2020年最新非肿瘤miRNA干湿结合生信套路和相关数据库全总结
本文插图


|2020年最新非肿瘤miRNA干湿结合生信套路和相关数据库全总结
本文插图

关于这一部分 ， 我们完全可以复现 。 我们选择NetworkAnalyst在线工具分析 ， 控制logFC绝对值大于1且p值小于0.05 ， 输出可以得到火山图和热图 。 具体操作细则 ， 我们可以关注解螺旋生信全书上篇的段位1模块2第四节差异分析可视化工具部分 ， 里面对NetworkAnalyst有很详细的介绍 。 对于C图的结果 ， 实则是韦恩图取交集的结果 。 这一部分 ， 解螺旋也有涉及 ， 详见挑圈联靠公众号“超详细讲解韦恩图作图 ， 小白一看就能懂的绘图教程” 这一篇推文 。 关于韦恩图作图 ， 这里推荐两个常用的网站jvenn（https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/jvenn）和webtools（http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/） 。 具体的作图教程可以参考公号之前的推文《超详细讲解韦恩图作图 ， 小白一看就懂的绘图教程》 。


推荐阅读


上一篇：|什么是未来保险营销的主流趋势？

下一篇：红米手机|荣耀30和红米K30Pro：同样是官方降价，对比之后选择有点纠结！